More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0441 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_0441  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  622  1e-177  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4207  LysR family transcriptional regulator  80.73 
 
 		 302 aa  491  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4183  LysR family transcriptional regulator  62.58 
 
 		 312 aa  377  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465046 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  37.31 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5825  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67170  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.161893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5291  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1932  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0947  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1235  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2210  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1671  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0307  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0217  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 310 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0067  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0224  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 338 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2497  transcription regulator protein  34.63 
 
 		 321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.82783  normal  0.625013 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2357  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 321 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0418601  normal  0.167767 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2760  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.436538 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2788  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4707  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4442  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 334 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413506  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2699  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.133782  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3256  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 292 aa  124  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.14149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000677  LysR-family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.708378  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 313 aa  119  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4203  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 296 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 298 aa  119  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6120  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 313 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2847  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.310868  normal  0.325567 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3713  transcriptional regulator, LysR family  29.75 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0343753 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3995  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0119  transcriptional regulator, LysR family  27.71 
 
 		 316 aa  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 306 aa  106  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 315 aa  103  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2190  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 297 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.769998 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06556  transcriptional regulator  28.06 
 
 		 282 aa  98.6  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4752  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 305 aa  99  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.222249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.71 
 
 		 307 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  27.95 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 301 aa  95.9  7e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4404  transcriptional regulator, LysR family  26.53 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.38 
 
 		 306 aa  95.5  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0133  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0571  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 298 aa  95.1  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.42 
 
 		 309 aa  93.6  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4115  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 302 aa  94  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.214102  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3251  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.98 
 
 		 313 aa  92  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182985 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.5 
 
 		 311 aa  92  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1023  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.98 
 
 		 313 aa  92  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0970  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.98 
 
 		 313 aa  92  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4369  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 304 aa  92  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.536466  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 311 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  27.61 
 
 		 311 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.1 
 
 		 311 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.1 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.47 
 
 		 307 aa  90.5  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.1 
 
 		 311 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  31.1 
 
 		 311 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.1 
 
 		 311 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.71 
 
 		 307 aa  90.5  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.1 
 
 		 311 aa  90.5  4e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.71 
 
 		 311 aa  89.7  5e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 292 aa  89.4  7e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4445  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 296 aa  89  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.400594 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 306 aa  89  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 310 aa  88.6  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4993  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0133249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 300 aa  87.4  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.69 
 
 		 304 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5821  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430138  normal  0.815813 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2094  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 329 aa  87.8  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.69 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3109  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 309 aa  87  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.129161 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 304 aa  86.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3464  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 309 aa  87  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26806  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.97 
 
 		 315 aa  86.3  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0148  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 309 aa  86.3  6e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0716986  decreased coverage  0.0000000188935 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1407  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 344 aa  86.3  6e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0833584 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8309  transcriptional regulator LysR family  30.41 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 304 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 304 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.79 
 
 		 304 aa  85.9  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 306 aa  85.9  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 304 aa  85.5  9e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2069  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 309 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.156662 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 304 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>