More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06556 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06556  transcriptional regulator  100 
 
 		 282 aa  568  1e-161  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000677  LysR-family transcriptional regulator  81.79 
 
 		 293 aa  464  9.999999999999999e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.708378  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3995  transcriptional regulator, LysR family  36.19 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0133  transcriptional regulator, LysR family  36.53 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4115  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.214102  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2760  transcriptional regulator, LysR family  36.5 
 
 		 321 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.436538 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2357  transcriptional regulator, LysR family  36.5 
 
 		 321 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0418601  normal  0.167767 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4404  transcriptional regulator, LysR family  34.19 
 
 		 302 aa  153  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2699  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.133782  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3256  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 292 aa  149  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.14149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 300 aa  149  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2788  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 292 aa  149  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2497  transcription regulator protein  35.4 
 
 		 321 aa  149  6e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.82783  normal  0.625013 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5291  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 338 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0067  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  145  6e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5825  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67170  LysR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 318 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.161893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 317 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4442  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413506  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3713  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0343753 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0224  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 309 aa  126  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4707  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0217  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 310 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1932  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1671  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2210  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0307  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1235  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0947  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4203  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 306 aa  116  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2069  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.156662 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3109  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.129161 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0119  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2094  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 329 aa  105  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3464  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 309 aa  105  8e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26806  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.92 
 
 		 311 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2190  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 297 aa  102  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.769998 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.11 
 
 		 301 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.11 
 
 		 301 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4752  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.222249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4183  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 312 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465046 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 312 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6967  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 303 aa  99  8e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 315 aa  99  9e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0441  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 306 aa  98.6  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 298 aa  98.2  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 312 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 306 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 313 aa  97.4  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.24 
 
 		 304 aa  97.1  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.88 
 
 		 315 aa  97.1  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.52 
 
 		 304 aa  96.3  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.52 
 
 		 304 aa  96.3  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.52 
 
 		 304 aa  96.3  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6120  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 313 aa  95.1  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2847  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 317 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.310868  normal  0.325567 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 308 aa  94.7  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 306 aa  94  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4207  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 302 aa  92.8  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 300 aa  92.8  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.52 
 
 		 304 aa  92.4  8e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5518  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 300 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192387  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3634  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 304 aa  91.7  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.246418 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.21 
 
 		 309 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.62 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.5 
 
 		 306 aa  89.7  4e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 304 aa  89.7  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 301 aa  89.4  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 300 aa  89.4  6e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.11 
 
 		 306 aa  88.6  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4445  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 296 aa  88.2  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.400594 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5454  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 305 aa  88.6  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.803003  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1142  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2546  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 298 aa  87.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715041  normal  0.706169 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.77 
 
 		 307 aa  87.4  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 310 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3182  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.52 
 
 		 311 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5821  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 316 aa  86.3  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430138  normal  0.815813 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.03 
 
 		 307 aa  85.9  6e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3346  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.18 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0358858 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.18 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.3 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1023  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.48 
 
 		 313 aa  85.5  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.34 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.18 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.18 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  26.21 
 
 		 311 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0970  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.32 
 
 		 313 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.59 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3251  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.32 
 
 		 313 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182985 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>