More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0119 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_0119  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 316 aa  637    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4752  LysR family transcriptional regulator  80.47 
 
 		 305 aa  496  1e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.222249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6120  LysR family transcriptional regulator  67.12 
 
 		 313 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4203  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 306 aa  332  4e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 296 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 296 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 296 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 315 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 338 aa  142  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 307 aa  136  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2094  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 329 aa  135  7.000000000000001e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2760  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 321 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.436538 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2357  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 321 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0418601  normal  0.167767 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 310 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3109  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 309 aa  132  9e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.129161 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 306 aa  132  9e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000677  LysR-family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.708378  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3464  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26806  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0067  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2847  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.310868  normal  0.325567 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4236  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2497  transcription regulator protein  29 
 
 		 321 aa  125  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.82783  normal  0.625013 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  26.22 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.15 
 
 		 311 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 322 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.01 
 
 		 301 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.01 
 
 		 301 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 297 aa  122  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 312 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5825  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 305 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 317 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2069  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.156662 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67170  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 318 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.161893  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.8 
 
 		 306 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.3 
 
 		 309 aa  119  6e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 304 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  24.74 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.78 
 
 		 315 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 310 aa  116  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.77 
 
 		 304 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.77 
 
 		 304 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.77 
 
 		 304 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.55 
 
 		 311 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5703  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 295 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.351778 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  24.91 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.87 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2546  LysR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715041  normal  0.706169 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.78 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.78 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3346  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.78 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0358858 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.78 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.99 
 
 		 301 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 301 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0394  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 286 aa  112  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.780233  normal  0.51441 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4993  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 303 aa  112  9e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0133249  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.53 
 
 		 304 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 301 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.86 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  25.86 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.86 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.86 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.52 
 
 		 311 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1142  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0007  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.378538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.61 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  25.88 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.55 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 303 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.52 
 
 		 311 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.52 
 
 		 311 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3182  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.1 
 
 		 311 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.87 
 
 		 307 aa  110  5e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 320 aa  109  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2788  LysR family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 292 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5291  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0133  transcriptional regulator, LysR family  26.47 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4207  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3256  LysR family transcriptional regulator  23.69 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.14149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06556  transcriptional regulator  29.66 
 
 		 282 aa  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0441  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 306 aa  107  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4445  LysR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 296 aa  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.400594 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 308 aa  106  5e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.41 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3995  transcriptional regulator, LysR family  24.25 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>