More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0212 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  100 
 
 		 311 aa  621  1e-177  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  63.58 
 
 		 307 aa  402  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  63.88 
 
 		 307 aa  401  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  62.71 
 
 		 306 aa  393  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  64.36 
 
 		 311 aa  390  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0970  DNA-binding transcriptional regulator LysR  60.19 
 
 		 313 aa  386  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1023  DNA-binding transcriptional regulator LysR  60.19 
 
 		 313 aa  386  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  63.32 
 
 		 311 aa  385  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  62.54 
 
 		 306 aa  385  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3251  DNA-binding transcriptional regulator LysR  60.19 
 
 		 313 aa  386  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182985 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  63.32 
 
 		 311 aa  383  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  63.32 
 
 		 311 aa  384  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  63.32 
 
 		 311 aa  383  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  63.32 
 
 		 311 aa  383  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  63.32 
 
 		 311 aa  384  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  62.98 
 
 		 311 aa  382  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  63.32 
 
 		 311 aa  383  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  61.2 
 
 		 307 aa  377  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  61.87 
 
 		 309 aa  376  1e-103  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  63.14 
 
 		 311 aa  371  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  63.14 
 
 		 311 aa  371  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  63.14 
 
 		 311 aa  371  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3346  DNA-binding transcriptional regulator LysR  63.14 
 
 		 311 aa  371  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0358858 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3182  DNA-binding transcriptional regulator LysR  62.8 
 
 		 311 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  60.26 
 
 		 309 aa  360  2e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  57.81 
 
 		 315 aa  341  8e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  58.33 
 
 		 304 aa  341  1e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  58.33 
 
 		 304 aa  341  1e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  58.33 
 
 		 304 aa  341  1e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  57.48 
 
 		 304 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  57.81 
 
 		 304 aa  338  8e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  57.48 
 
 		 304 aa  335  5e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  57 
 
 		 311 aa  317  1e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  56.81 
 
 		 301 aa  315  6e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  56.81 
 
 		 301 aa  315  6e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  51.66 
 
 		 308 aa  310  2e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1819  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 309 aa  277  1e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.321718  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 310 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.39 
 
 		 302 aa  255  7e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  41.32 
 
 		 322 aa  215  9e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 320 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 317 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 303 aa  198  9e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 304 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1838  LysR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 318 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  35.62 
 
 		 304 aa  182  7e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4432  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 297 aa  178  9e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 297 aa  178  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4369  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 304 aa  169  4e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.536466  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6544  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0395202 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0848  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0007  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 325 aa  163  3e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.378538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6967  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 303 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4408  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 344 aa  162  7e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.830984  normal  0.0872893 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5454  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.803003  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 310 aa  162  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4460  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 308 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031991 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 306 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  155  8e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6343  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6146  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.69148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4348  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3634  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.246418 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 296 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 296 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 300 aa  152  7e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 304 aa  152  8e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4445  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 296 aa  150  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.400594 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000034  transcriptional regulator LysR family protein  28.91 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000511263  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3435  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 296 aa  146  5e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4993  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0133249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  32.49 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4236  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 306 aa  142  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.57 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5703  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 295 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.351778 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5518  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192387  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8322  transcriptional regulator LysR family  29.97 
 
 		 296 aa  134  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.489992  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7396  Transcriptional regulator  29.83 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.709918  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8309  transcriptional regulator LysR family  28.72 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0571  LysR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 298 aa  134  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1407  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 344 aa  129  6e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0833584 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 300 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 338 aa  126  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 296 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 317 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>