More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0067 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0067  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  596  1e-169  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  63.09 
 
 		 300 aa  366  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  62.71 
 
 		 307 aa  352  5e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  58.64 
 
 		 299 aa  342  4e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 338 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 317 aa  186  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2760  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.436538 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2357  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 321 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0418601  normal  0.167767 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3256  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 292 aa  180  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.14149  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2497  transcription regulator protein  37.79 
 
 		 321 aa  178  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.82783  normal  0.625013 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5825  LysR family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2788  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 292 aa  168  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2699  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.133782  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4707  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67170  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.161893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5291  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 303 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0224  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4442  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 334 aa  156  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413506  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1235  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1932  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1671  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2210  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0307  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0947  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0217  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  36.54 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3713  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0343753 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000677  LysR-family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.708378  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2190  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 297 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.769998 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06556  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 282 aa  145  7.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35.22 
 
 		 304 aa  145  9e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  36.21 
 
 		 304 aa  145  9e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35.88 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35.22 
 
 		 304 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35.22 
 
 		 304 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35.22 
 
 		 304 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 296 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35.92 
 
 		 309 aa  142  8e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 296 aa  142  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 296 aa  142  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3995  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0441  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 306 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4207  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 313 aa  133  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2546  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 298 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715041  normal  0.706169 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 315 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2094  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 329 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4183  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 312 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465046 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.77 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.77 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0119  transcriptional regulator, LysR family  29.03 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.69 
 
 		 307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 306 aa  129  7.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6120  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0133  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.55 
 
 		 311 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2069  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.156662 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 301 aa  126  6e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4752  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.222249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4115  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.214102  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 304 aa  122  6e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 304 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 304 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3109  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 309 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.129161 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 310 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4203  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3464  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26806  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4404  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 302 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  30.61 
 
 		 311 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30 
 
 		 306 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2620  transcriptional regulator, LysR family  30.79 
 
 		 299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0513234  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0571  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 298 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.72 
 
 		 309 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.67 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  29.32 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.57 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.15 
 
 		 307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.9 
 
 		 311 aa  115  6e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.9 
 
 		 311 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.9 
 
 		 311 aa  115  7.999999999999999e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4236  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 310 aa  113  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.57 
 
 		 311 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.57 
 
 		 311 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.57 
 
 		 311 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.39 
 
 		 301 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  28.57 
 
 		 311 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 311 aa  112  6e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.85 
 
 		 307 aa  112  6e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 301 aa  112  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1838  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6544  transcriptional regulator, LysR family  36.42 
 
 		 305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0395202 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4408  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 344 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.830984  normal  0.0872893 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>