More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4245 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  100 
 
 		 304 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  99.67 
 
 		 304 aa  600  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  96.38 
 
 		 304 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  96.35 
 
 		 304 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  96.35 
 
 		 304 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  96.35 
 
 		 304 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  94.67 
 
 		 315 aa  570  1.0000000000000001e-162  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  73.27 
 
 		 309 aa  457  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  54.18 
 
 		 308 aa  346  3e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  57.48 
 
 		 311 aa  335  5e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  52.82 
 
 		 307 aa  317  1e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.34 
 
 		 307 aa  300  2e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.17 
 
 		 301 aa  295  6e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.17 
 
 		 301 aa  295  6e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1023  DNA-binding transcriptional regulator LysR  49.67 
 
 		 313 aa  293  2e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3251  DNA-binding transcriptional regulator LysR  49.67 
 
 		 313 aa  293  2e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182985 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0970  DNA-binding transcriptional regulator LysR  49.67 
 
 		 313 aa  293  2e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  50.51 
 
 		 307 aa  293  2e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.19 
 
 		 311 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  52.1 
 
 		 311 aa  293  3e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  50.51 
 
 		 306 aa  292  6e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.4 
 
 		 311 aa  291  9e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  51.75 
 
 		 311 aa  290  1e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.75 
 
 		 311 aa  291  1e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  51.75 
 
 		 311 aa  290  1e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.75 
 
 		 311 aa  290  1e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.75 
 
 		 311 aa  290  1e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  51.75 
 
 		 311 aa  290  2e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.4 
 
 		 311 aa  290  2e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3182  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51 
 
 		 311 aa  282  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  48.81 
 
 		 306 aa  282  6.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51 
 
 		 311 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3346  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51 
 
 		 311 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0358858 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51 
 
 		 311 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51 
 
 		 311 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  48.47 
 
 		 309 aa  275  9e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1819  LysR family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 309 aa  271  1e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.321718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.3 
 
 		 302 aa  257  1e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 310 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 320 aa  199  6e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 322 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 317 aa  191  9e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 304 aa  186  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 301 aa  185  8e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5454  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.803003  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 300 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 292 aa  163  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 304 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 304 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6967  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 303 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1838  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 318 aa  158  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  32.75 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4369  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.536466  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 304 aa  155  7e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4432  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 323 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6343  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4993  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0133249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6146  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 302 aa  149  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.69148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 301 aa  149  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3435  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 296 aa  149  5e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 296 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.31 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0007  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.378538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4236  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6544  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0395202 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5703  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.351778 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4445  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 296 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.400594 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0067  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5518  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192387  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4348  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8309  transcriptional regulator LysR family  29.93 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 309 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  34.41 
 
 		 300 aa  135  7.000000000000001e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4460  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031991 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0571  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 298 aa  133  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0848  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 302 aa  132  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228944  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000034  transcriptional regulator LysR family protein  29.87 
 
 		 304 aa  132  7.999999999999999e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000511263  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5821  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430138  normal  0.815813 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2788  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 292 aa  129  6e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1142  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8322  transcriptional regulator LysR family  31.18 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.489992  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4442  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413506  normal  0.600336 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>