More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2760 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2760  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 321 aa  639    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.436538 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2357  transcriptional regulator, LysR family  99.38 
 
 		 321 aa  635    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0418601  normal  0.167767 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2497  transcription regulator protein  88.79 
 
 		 321 aa  565  1e-160  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.82783  normal  0.625013 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  62.21 
 
 		 338 aa  349  4e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  60.51 
 
 		 317 aa  349  4e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 300 aa  213  4.9999999999999996e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 299 aa  209  5e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5291  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2699  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 296 aa  186  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.133782  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0067  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2788  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5825  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000677  LysR-family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.708378  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67170  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 318 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.161893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 296 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 296 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3256  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 292 aa  172  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.14149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4707  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0217  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3713  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 295 aa  164  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0343753 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4442  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413506  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1932  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 310 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1235  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 310 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0947  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 310 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2210  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 310 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1671  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 310 aa  162  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0307  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 310 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2190  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.769998 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0224  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06556  transcriptional regulator  36.5 
 
 		 282 aa  155  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3995  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4207  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 298 aa  144  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 315 aa  143  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2847  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.310868  normal  0.325567 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 312 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4752  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.222249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0133  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6120  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 313 aa  135  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0119  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4183  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465046 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 312 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4993  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0133249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4115  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.214102  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4404  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.46 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0441  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 301 aa  126  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4460  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031991 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5821  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430138  normal  0.815813 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5518  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192387  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0571  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 298 aa  122  6e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4203  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 306 aa  122  6e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4348  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.67 
 
 		 315 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 322 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.33 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2094  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 329 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2069  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 309 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.156662 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4445  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.400594 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.05 
 
 		 304 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4453  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  hitchhiker  0.0000436239 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.05 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.17 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3464  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26806  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3109  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.129161 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  32.45 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.67 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.67 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.67 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  29.49 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  27.43 
 
 		 304 aa  115  7.999999999999999e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 292 aa  114  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4464  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 301 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1838  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8309  transcriptional regulator LysR family  30.42 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0668  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 332 aa  109  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0273303  normal  0.212728 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.63 
 
 		 301 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.63 
 
 		 301 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>