More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4464 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4464  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  610  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6544  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0395202 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 304 aa  129  6e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  31.85 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6146  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.69148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 300 aa  122  7e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 317 aa  122  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0007  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 325 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.378538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.04 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.04 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.45 
 
 		 301 aa  118  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2497  transcription regulator protein  27.93 
 
 		 321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.82783  normal  0.625013 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.92 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.89 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.06 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 306 aa  116  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8309  transcriptional regulator LysR family  31.67 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 301 aa  115  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2357  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 		 321 aa  113  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0418601  normal  0.167767 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6343  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7396  Transcriptional regulator  26.69 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.709918  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2760  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 		 321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.436538 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.76 
 
 		 309 aa  112  7.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 317 aa  112  9e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 310 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3435  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4432  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 323 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0970  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 303 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3251  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182985 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4236  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 306 aa  109  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0729  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 296 aa  108  8.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.570486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1023  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.89 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.67 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.77 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  26.67 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.67 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.67 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  26.27 
 
 		 311 aa  107  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.88 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.88 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.51 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.88 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.88 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.51 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.56 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 306 aa  106  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  26.85 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  24.91 
 
 		 309 aa  106  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 296 aa  106  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.43 
 
 		 311 aa  106  5e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.55 
 
 		 307 aa  106  5e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.78 
 
 		 315 aa  106  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 296 aa  106  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 296 aa  106  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.43 
 
 		 311 aa  105  7e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000034  transcriptional regulator LysR family protein  27.91 
 
 		 304 aa  105  8e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000511263  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0848  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 302 aa  105  8e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.09 
 
 		 311 aa  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 309 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2069  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 309 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.156662 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2788  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2094  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 329 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3464  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26806  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3109  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.129161 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2546  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715041  normal  0.706169 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5454  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 		 305 aa  102  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.803003  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 292 aa  102  6e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  26.02 
 
 		 309 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  26.02 
 
 		 309 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4901  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 294 aa  102  8e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 316 aa  102  9e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4993  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 303 aa  102  9e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0133249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 312 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  26.53 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  25.73 
 
 		 303 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  25.73 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5335  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.5 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  30.86 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1795  transcriptional regulator, LysR family  27.17 
 
 		 321 aa  100  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130136  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>