More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1880 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1880  transcription regulator protein  100 
 
 		 324 aa  640    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1758  transcriptional regulator, LysR family  90.43 
 
 		 324 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.068602  normal  0.477555 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2081  transcriptional regulator, LysR family  90.12 
 
 		 324 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1450  LysR family transcriptional regulator  63.19 
 
 		 349 aa  383  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.308203  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2808  transcriptional regulator, LysR family  52.85 
 
 		 316 aa  329  4e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0668  transcriptional regulator, LysR family  55.24 
 
 		 332 aa  329  5.0000000000000004e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0273303  normal  0.212728 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2536  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.85 
 
 		 329 aa  328  9e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.941748  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1795  transcriptional regulator, LysR family  52.6 
 
 		 321 aa  322  6e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130136  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5103  LysR family transcriptional regulator  54.66 
 
 		 403 aa  317  1e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.223049 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2536  LysR family transcriptional regulator  54.66 
 
 		 357 aa  315  6e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5316  LysR family transcriptional regulator  53.7 
 
 		 337 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3938  LysR family transcriptional regulator  54.02 
 
 		 337 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3582  LysR family transcriptional regulator  54.02 
 
 		 356 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.938584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0094  LysR family transcriptional regulator  48.93 
 
 		 326 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.22128 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3846  LysR family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 343 aa  266  4e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  33.69 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1838  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5518  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192387  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 304 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 304 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.65 
 
 		 304 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 304 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.67 
 
 		 309 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.62 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.62 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.65 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.62 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.52 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.73 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.47 
 
 		 315 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6343  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.2 
 
 		 307 aa  123  5e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 304 aa  123  5e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4453  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 307 aa  123  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  hitchhiker  0.0000436239 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 303 aa  122  8e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 301 aa  122  8e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.82 
 
 		 311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 320 aa  119  6e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 313 aa  119  9e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.17 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 304 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8322  transcriptional regulator LysR family  32.62 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.489992  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.47 
 
 		 309 aa  116  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.93 
 
 		 301 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5821  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 316 aa  116  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430138  normal  0.815813 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.93 
 
 		 301 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 304 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4460  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031991 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.19 
 
 		 306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6292  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 310 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 312 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 296 aa  113  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 296 aa  113  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8309  transcriptional regulator LysR family  32.47 
 
 		 300 aa  113  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 301 aa  113  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 317 aa  113  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0014  transcriptional regulator, LysR family  30.37 
 
 		 298 aa  112  6e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 300 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4369  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.536466  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4432  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.51 
 
 		 302 aa  110  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0970  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.01 
 
 		 313 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 322 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 292 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3251  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.01 
 
 		 313 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182985 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1023  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.01 
 
 		 313 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 317 aa  109  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0007  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 325 aa  109  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.378538  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 312 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 296 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4464  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0571  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6637  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 301 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.252067 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.77 
 
 		 311 aa  107  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1407  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 344 aa  107  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0833584 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2877  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0715401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.77 
 
 		 311 aa  106  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 315 aa  106  5e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.77 
 
 		 311 aa  106  6e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.77 
 
 		 311 aa  106  6e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.77 
 
 		 311 aa  106  6e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.77 
 
 		 311 aa  106  6e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  29.77 
 
 		 311 aa  106  6e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4932  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 299 aa  105  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 311 aa  105  9e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.14 
 
 		 311 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.14 
 
 		 311 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.14 
 
 		 311 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>