More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4431 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  616  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  68.3 
 
 		 311 aa  431  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  66.56 
 
 		 305 aa  401  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  66.23 
 
 		 305 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  54.36 
 
 		 320 aa  314  9.999999999999999e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0215  LysR family transcriptional regulator  51.17 
 
 		 314 aa  287  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0234  LysR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 304 aa  271  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5002  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 304 aa  271  9e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.415696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08180  Transcriptional regulator, LysR family  46.98 
 
 		 317 aa  253  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24730  LysR family transcriptional regulator protein  47.77 
 
 		 317 aa  253  3e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0141  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 309 aa  219  6e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2634  transcriptional regulator, LysR family  40.94 
 
 		 315 aa  215  7e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  42.09 
 
 		 304 aa  215  8e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4326  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 		 309 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1355  transcriptional regulator, LysR family  39.26 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2622  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.342108  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4781  putative transcriptional regulator  41.75 
 
 		 304 aa  202  7e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1834  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 312 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.202618  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1434  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 318 aa  191  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4677  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 343 aa  170  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0483253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2281  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 307 aa  149  9e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0241  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.98 
 
 		 315 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1431  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.30963  normal  0.127714 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1472  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal  0.120322 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2771  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290913  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5250  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.78 
 
 		 312 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.3549  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3174  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4525  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5761  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 315 aa  122  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2377  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 294 aa  122  9e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4388  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2959  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 331 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3429  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000037379  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4014  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.993243 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1982  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 303 aa  112  7.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 290 aa  112  9e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5754  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.74 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 316 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4542  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 296 aa  104  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31260  Transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 397 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  30.16 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  29.28 
 
 		 343 aa  103  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  28.08 
 
 		 302 aa  102  6e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 297 aa  101  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  24.51 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  27 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1757  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  27.69 
 
 		 302 aa  100  4e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 300 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3202  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 397 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185561 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 321 aa  99.8  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 301 aa  99.8  5e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  27 
 
 		 300 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 300 aa  99.8  6e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 300 aa  99.8  6e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 300 aa  99.4  7e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  30.91 
 
 		 296 aa  99.4  7e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2686  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 303 aa  99.4  7e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.247375 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  27.81 
 
 		 305 aa  99.4  7e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2516  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 397 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.01 
 
 		 300 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  26.01 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 314 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 314 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.27 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1033  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 305 aa  97.4  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 303 aa  96.7  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 314 aa  96.7  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  27.48 
 
 		 305 aa  96.7  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  27.45 
 
 		 300 aa  96.3  6e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 305 aa  95.9  7e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 321 aa  95.5  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1142  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5744  transcriptional regulator, LysR family  26.26 
 
 		 434 aa  95.5  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  26.56 
 
 		 299 aa  95.5  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 314 aa  94.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  26.26 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.97 
 
 		 316 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  27.63 
 
 		 313 aa  94.7  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 316 aa  94.7  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  26.95 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  41.86 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1737  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  0.96466 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 314 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 298 aa  93.6  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 316 aa  94  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 295 aa  94  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  26.82 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  26.69 
 
 		 304 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 311 aa  93.6  4e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 293 aa  93.2  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 311 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2148  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 317 aa  93.2  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0402296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1007  fhu operon transcription regulator  26.67 
 
 		 296 aa  93.2  5e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000456933  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>