More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1033 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1033  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  624  1e-178  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3242  LysR family transcriptional regulator  55.97 
 
 		 301 aa  335  5.999999999999999e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.783996  normal  0.606563 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0449  LysR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 317 aa  275  7e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.206792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5460  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.72 
 
 		 323 aa  229  6e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  27.6 
 
 		 305 aa  105  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  26.53 
 
 		 305 aa  102  9e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 320 aa  100  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 419 aa  99.8  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1826  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 316 aa  99.8  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  hitchhiker  0.00784297 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 301 aa  99.4  7e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 307 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1029  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 306 aa  96.3  5e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.850278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 316 aa  96.7  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 417 aa  95.9  7e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  30.57 
 
 		 304 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 417 aa  95.1  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0241  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.49 
 
 		 315 aa  94.4  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 303 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 301 aa  94  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  27 
 
 		 302 aa  92.8  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27 
 
 		 302 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  27 
 
 		 302 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  27 
 
 		 302 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  27 
 
 		 302 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  27 
 
 		 302 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  27 
 
 		 302 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 303 aa  92.4  9e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 351 aa  91.7  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4781  putative transcriptional regulator  30.57 
 
 		 304 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 321 aa  90.9  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 301 aa  91.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 309 aa  90.9  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5754  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.89 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.58 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0229  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 306 aa  90.5  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.983112 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3922  LysR family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 404 aa  90.5  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  35.63 
 
 		 323 aa  90.1  4e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  25.94 
 
 		 302 aa  90.1  4e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 325 aa  90.1  4e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  35.63 
 
 		 323 aa  90.1  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 305 aa  89.7  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0095  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.58 
 
 		 411 aa  89.7  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 415 aa  90.1  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 		 305 aa  89.7  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4119  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 392 aa  89.4  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  25.94 
 
 		 302 aa  89.4  7e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0360  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 313 aa  89.4  8e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 299 aa  89.4  8e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3932  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 298 aa  89.4  8e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 		 302 aa  89  8e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3348  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 306 aa  89  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0103811 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5307  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 306 aa  88.2  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0037216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0144  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 296 aa  88.2  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287831 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 305 aa  88.6  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4014  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 316 aa  88.6  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.993243 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4060  hypothetical protein  32.69 
 
 		 311 aa  88.2  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0282036  normal  0.215669 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 332 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4764  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 306 aa  88.2  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 307 aa  87.8  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 305 aa  87.4  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 317 aa  87.8  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3380  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213081  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  26.03 
 
 		 331 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0215  LysR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 314 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5439  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0094  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  26.25 
 
 		 411 aa  88.2  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5423  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0829573  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4846  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3897  LysR family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 414 aa  87.4  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  27.88 
 
 		 308 aa  87  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0307  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 298 aa  86.7  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 303 aa  86.7  4e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1765  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 315 aa  87  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 308 aa  87  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 		 305 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 305 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 305 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 305 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24730  LysR family transcriptional regulator protein  25.28 
 
 		 317 aa  86.3  6e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 303 aa  86.3  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 294 aa  86.3  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.08 
 
 		 293 aa  86.3  7e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 308 aa  86.3  7e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  29.06 
 
 		 288 aa  85.9  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.46 
 
 		 304 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0650  transcriptional regulator, LysR family  29.06 
 
 		 313 aa  85.1  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.344002 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08180  Transcriptional regulator, LysR family  25.28 
 
 		 317 aa  85.5  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 325 aa  85.5  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 304 aa  85.5  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3205  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 314 aa  85.5  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.87 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5655  transcriptional regulator, LysR family  30.19 
 
 		 310 aa  84.7  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2110  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.136267  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  35.53 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  26.17 
 
 		 327 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2956  LysR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.2285  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>