More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0360 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_0360  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  639    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2673  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 		 303 aa  365  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4866  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4911  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 303 aa  156  4e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000218109  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1826  transcriptional regulator, LysR family  30.16 
 
 		 327 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3737  transcriptional regulator, LysR family  30.15 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.295793  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0810  transcriptional regulator, LysR family  31.5 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  29.32 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4615  transcriptional regulator, LysR family  27.63 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.40562  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  29.71 
 
 		 300 aa  124  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2038  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 306 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367064  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3736  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 309 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  29.48 
 
 		 292 aa  114  1.0000000000000001e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0809  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 321 aa  112  6e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  22.18 
 
 		 320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2450  transcriptional regulator, LysR family  26.27 
 
 		 311 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  26.81 
 
 		 311 aa  108  8.000000000000001e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0933  transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0002  transcriptional regulator, LysR family  26.75 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  26.5 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 302 aa  105  9e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  25.61 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  24.91 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  23.57 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 312 aa  103  3e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4220  LysR substrate-binding  31.31 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.829195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.1 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  27.07 
 
 		 312 aa  103  5e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5655  transcriptional regulator, LysR family  27.38 
 
 		 310 aa  102  6e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  24.31 
 
 		 301 aa  102  6e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  23.08 
 
 		 323 aa  102  6e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  26.4 
 
 		 302 aa  102  6e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 300 aa  102  7e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 306 aa  102  8e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  23.08 
 
 		 323 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  22.22 
 
 		 308 aa  101  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 321 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  28.02 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 315 aa  100  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 299 aa  100  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  26.09 
 
 		 320 aa  100  4e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  25.39 
 
 		 298 aa  99.8  6e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 319 aa  99.8  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6511  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 315 aa  99.8  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  0.0531961 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 292 aa  99.4  7e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 308 aa  99  8e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  23.18 
 
 		 303 aa  99.4  8e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  23.39 
 
 		 302 aa  99  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.9 
 
 		 302 aa  99  9e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.9 
 
 		 305 aa  99  9e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.9 
 
 		 302 aa  98.6  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 304 aa  98.6  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 302 aa  99  1e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  24.16 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  26.09 
 
 		 320 aa  99  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.81 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3635  LysR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 318 aa  98.6  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.287506  normal  0.0415744 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.81 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  24.16 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.81 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 319 aa  98.2  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.9 
 
 		 302 aa  99  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 292 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2698  transcriptional regulator CysB-like protein  27.85 
 
 		 313 aa  97.4  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 317 aa  97.4  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 302 aa  98.2  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.49 
 
 		 304 aa  98.2  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 292 aa  97.4  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 308 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2385  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 313 aa  97.4  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 301 aa  97.4  3e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  23.05 
 
 		 302 aa  97.4  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 308 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.3 
 
 		 305 aa  96.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.3 
 
 		 305 aa  96.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 322 aa  97.1  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.3 
 
 		 305 aa  96.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  24.36 
 
 		 319 aa  97.1  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.3 
 
 		 305 aa  96.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.3 
 
 		 305 aa  96.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 311 aa  97.1  4e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>