More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_4911 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_4911  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 303 aa  616  1e-175  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000218109  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4866  transcriptional regulator, LysR family  44.97 
 
 		 304 aa  261  1e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0360  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 313 aa  156  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2673  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1826  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 327 aa  120  3e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 293 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3736  transcriptional regulator, LysR family  26.38 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  27.4 
 
 		 306 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0933  transcriptional regulator, LysR family  28.8 
 
 		 305 aa  112  6e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 295 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3737  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 307 aa  112  9e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.295793  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0810  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 307 aa  112  9e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0858  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000521501  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2038  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 		 306 aa  109  5e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367064  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 306 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0953  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.618403  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  25.45 
 
 		 296 aa  105  7e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3960  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 320 aa  105  7e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.583838  normal  0.331614 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.09 
 
 		 302 aa  105  8e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 289 aa  105  8e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 292 aa  104  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  24.73 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3635  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 318 aa  103  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.287506  normal  0.0415744 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.82 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.72 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 320 aa  103  4e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  25.09 
 
 		 296 aa  103  5e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.36 
 
 		 304 aa  103  5e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.64 
 
 		 302 aa  102  6e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  26.28 
 
 		 302 aa  102  7e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.01 
 
 		 305 aa  102  7e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  30.65 
 
 		 311 aa  102  8e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 297 aa  102  9e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0301  transcriptional regulator CysB  33.17 
 
 		 324 aa  102  9e-21  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.64 
 
 		 302 aa  102  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  24.9 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  24.9 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.9 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  24.9 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.9 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.13 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.13 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  30.11 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.9 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.9 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.9 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2161  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 		 324 aa  101  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.281423  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.9 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.13 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  25.67 
 
 		 289 aa  100  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.64 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.64 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.64 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.64 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2656  transcriptional regulator CysB  30.59 
 
 		 324 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00546956  unclonable  0.0000000382364 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.64 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1923  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 324 aa  100  4e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  25.27 
 
 		 295 aa  99.8  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2016  transcriptional regulator CysB  29.68 
 
 		 324 aa  99.8  5e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.251178  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 297 aa  99.8  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  25 
 
 		 294 aa  99.8  5e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2317  transcriptional regulator CysB  29.68 
 
 		 324 aa  99.8  5e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 297 aa  99.8  6e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 297 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 303 aa  99.4  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.64 
 
 		 305 aa  99.4  7e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 297 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 303 aa  99.4  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01251  DNA-binding transcriptional dual regulator, O-acetyl-L-serine-binding  29.22 
 
 		 324 aa  99  8e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.255079  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2374  transcriptional regulator, LysR family  29.22 
 
 		 324 aa  99  8e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00240492  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1907  transcriptional regulator CysB  29.22 
 
 		 324 aa  99  8e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0524894  hitchhiker  2.34231e-17 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1475  transcriptional regulator CysB  29.22 
 
 		 324 aa  99  8e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00044374  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1384  transcriptional regulator CysB  29.22 
 
 		 324 aa  99  8e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01261  hypothetical protein  29.22 
 
 		 324 aa  99  8e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.234561  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1501  transcriptional regulator CysB  29.22 
 
 		 324 aa  99  8e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.7918  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1840  transcriptional regulator CysB  29.68 
 
 		 324 aa  99  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000484032 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 300 aa  99  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2353  transcriptional regulator CysB  29.22 
 
 		 324 aa  99  8e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0011024  unclonable  0.000000022716 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1856  transcriptional regulator CysB  29.22 
 
 		 324 aa  99  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.314733  hitchhiker  2.57931e-19 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  26.06 
 
 		 296 aa  99  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 299 aa  99  9e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0650  transcriptional regulator, LysR family  24.48 
 
 		 313 aa  99  9e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.344002 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1844  transcriptional regulator CysB  29.22 
 
 		 324 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00679598 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 300 aa  98.2  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1902  transcriptional regulator CysB  29.22 
 
 		 324 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.834508  hitchhiker  4.2824e-16 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 320 aa  98.2  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1434  transcriptional regulator CysB  29.22 
 
 		 324 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00237388  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  24.9 
 
 		 313 aa  98.6  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.81 
 
 		 290 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 297 aa  97.4  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 305 aa  97.8  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1615  LysR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 292 aa  97.4  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.760983  normal  0.721078 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>