More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_3736 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_3736  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 309 aa  626  1e-178  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0809  transcriptional regulator, LysR family  48.29 
 
 		 321 aa  301  1e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0810  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3737  transcriptional regulator, LysR family  33.76 
 
 		 307 aa  162  7e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.295793  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2673  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4866  transcriptional regulator, LysR family  24.12 
 
 		 304 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1826  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 327 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0360  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 313 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4911  transcriptional regulator, LysR family  26.38 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000218109  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0901  putative metCcysK operon transcriptional activator  30.16 
 
 		 302 aa  108  9.000000000000001e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.176333  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0375  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.104168  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2450  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 311 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 311 aa  98.2  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  22.4 
 
 		 311 aa  94.7  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0650  transcriptional regulator, LysR family  25.62 
 
 		 313 aa  94.7  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.344002 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0552  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 301 aa  93.2  4e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000594224  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 309 aa  93.2  5e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  26.07 
 
 		 301 aa  92  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6511  transcriptional regulator, LysR family  26.77 
 
 		 315 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  0.0531961 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  21.75 
 
 		 311 aa  90.9  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  25.82 
 
 		 316 aa  89.4  8e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0368  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 304 aa  88.6  1e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0935  LysR-type transcriptional regulator  27.62 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 304 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 		 343 aa  86.3  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0525  fhu operon transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  86.7  5e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.262224  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 316 aa  86.3  7e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0849  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 		 310 aa  85.9  9e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0933  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  24.53 
 
 		 289 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1367  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000461256  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4615  transcriptional regulator, LysR family  23.03 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.40562  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  25.57 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0757  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0649321  hitchhiker  0.00000000000185675 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  24.37 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 329 aa  83.6  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3761  redox-sensitive transcriptional activator OxyR  23.76 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  31.65 
 
 		 312 aa  83.2  0.000000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  21.99 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0486  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  24.37 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7451  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  27.62 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.3 
 
 		 290 aa  80.9  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06000  transcriptional regulator  30.58 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.271316 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0157  LysR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 324 aa  81.3  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  25.72 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  23.6 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3390  LysR family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0974  transcriptional regulator, LysR family  22.33 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.966458  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2747  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437645  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  24.33 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  24.26 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1229  MarR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  22.91 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1720  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 289 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.0235109 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  22.38 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 293 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 293 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0449  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 335 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  25 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0953  LysR family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  23.83 
 
 		 301 aa  78.6  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 300 aa  79  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5151  LysR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 302 aa  78.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.606064  normal  0.58822 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4467  LysR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0400691 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  32.64 
 
 		 332 aa  77.8  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4722  transcriptional regulator, LysR family  21.75 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5655  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  20.39 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1238  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 307 aa  78.2  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  20.39 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  20.39 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4220  LysR substrate-binding  32.19 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.829195  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  22.55 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 316 aa  76.6  0.0000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1784  LysR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.132591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  25.54 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4028  LysR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 323 aa  76.6  0.0000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 300 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  20.39 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  21.21 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 320 aa  76.3  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.03 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4970  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2313  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 327 aa  76.3  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.344655  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1045  fhu operon transcription regulator  25.39 
 
 		 306 aa  76.3  0.0000000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0140074  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  23.84 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2000  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 289 aa  75.9  0.0000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.504431  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 309 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>