More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0849 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0849  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 310 aa  644    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0525  fhu operon transcriptional regulator  80.13 
 
 		 307 aa  531  1e-150  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.262224  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0935  LysR-type transcriptional regulator  57 
 
 		 307 aa  378  1e-104  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1649  fhu operon transcription regulator  48.4 
 
 		 317 aa  315  6e-85  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.133546  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0368  transcriptional regulator, LysR family  51.53 
 
 		 304 aa  310  2.9999999999999997e-83  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0901  putative metCcysK operon transcriptional activator  48.3 
 
 		 302 aa  306  3e-82  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.176333  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1728  transcriptional regulator, LysR family  47.88 
 
 		 313 aa  303  2.0000000000000002e-81  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0157868 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1176  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 290 aa  276  2e-73  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1229  MarR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 301 aa  262  4e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0408  transcriptional regulator, MarR family  42.62 
 
 		 307 aa  257  1e-67  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.469679  hitchhiker  0.00908682 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08410  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 308 aa  251  9.000000000000001e-66  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00913981  normal  0.237754 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0486  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0375  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 301 aa  159  8e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.104168  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1367  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000461256  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0552  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000594224  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08390  LysR family regulator  33.97 
 
 		 217 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0347693  normal  0.270686 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0410  hypothetical protein  31.1 
 
 		 219 aa  130  3e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.340572  hitchhiker  0.00753399 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0757  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 307 aa  112  7.000000000000001e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0649321  hitchhiker  0.00000000000185675 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2673  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 303 aa  99.8  5e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0232  fhu operon transcription regulator  28.24 
 
 		 305 aa  95.5  1e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.162726  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1045  fhu operon transcription regulator  25.75 
 
 		 306 aa  93.6  3e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0140074  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0810  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 307 aa  89.4  7e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4866  transcriptional regulator, LysR family  27.01 
 
 		 304 aa  89  9e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1238  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 301 aa  87.4  2e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0858  transcriptional regulator, LysR family  25.32 
 
 		 309 aa  87.4  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000521501  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3736  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 		 309 aa  85.9  9e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 305 aa  85.9  9e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0360  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 313 aa  84  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 295 aa  82  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0727  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2625  transcriptional regulator, LysR family  46.84 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000460304  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3915  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 317 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06000  transcriptional regulator  25.19 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.271316 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5031  transcriptional regulator, LysR family  24.48 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09290  transcriptional regulator  27.45 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.240748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  29.19 
 
 		 306 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1757  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 289 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 313 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 301 aa  79  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  23.33 
 
 		 300 aa  79  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0714  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 303 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0524  transcriptional regulator, LysR family  25.42 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.264315  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  27.88 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5544  LysR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.899335 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2000  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.504431  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1383  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 317 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 323 aa  77  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0830  transcriptional regulator, LysR family  23.92 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.398395  normal  0.0341942 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1778  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000761412  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1916  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0657607  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1875  LysR family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.219767  normal  0.699734 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 320 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0204  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 320 aa  77  0.0000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0533244  normal  0.505533 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  25.49 
 
 		 290 aa  76.6  0.0000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1156  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 321 aa  76.3  0.0000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  26.42 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3491  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 290 aa  76.3  0.0000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3737  transcriptional regulator, LysR family  25.85 
 
 		 307 aa  75.9  0.0000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.295793  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2385  LysR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 313 aa  75.9  0.0000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 327 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1735  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 289 aa  75.9  0.0000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.173814  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1765  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 315 aa  75.9  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3416  DNA-binding transcriptional regulator CynR  24.69 
 
 		 288 aa  75.5  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.144678  normal  0.641219 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 297 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2427  transcriptional regulator CysB-like protein  30.48 
 
 		 313 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2902  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 321 aa  75.5  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.187711  normal  0.331518 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 304 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1847  transcriptional regulator, LysR family  25.7 
 
 		 315 aa  75.5  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3423  transcriptional regulator, LysR family  25.82 
 
 		 289 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000235779 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6822  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 294 aa  74.7  0.000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1790  LysR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 289 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000399419  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2400  LysR substrate-binding  30.67 
 
 		 294 aa  74.7  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  26.73 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2357  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 294 aa  74.7  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2573  LysR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 320 aa  74.3  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1939  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 312 aa  74.7  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000010986  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  22.48 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2374  transcriptional regulator, LysR family  28.17 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00240492  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1384  transcriptional regulator CysB  28.17 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  22.47 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>