More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Elen_0408 on replicon NC_013204
Organism: Eggerthella lenta DSM 2243



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013204  Elen_0408  transcriptional regulator, MarR family  100 
 
 
307 aa  630  1e-179  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.469679  hitchhiker  0.00908682 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08410  transcriptional regulator  69.31 
 
 
308 aa  453  1.0000000000000001e-126  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00913981  normal  0.237754 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0935  LysR-type transcriptional regulator  50.84 
 
 
307 aa  307  2.0000000000000002e-82  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1728  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 
313 aa  300  2e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0157868 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0368  transcriptional regulator, LysR family  48 
 
 
304 aa  294  1e-78  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0901  putative metCcysK operon transcriptional activator  47.62 
 
 
302 aa  293  2e-78  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.176333  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1649  fhu operon transcription regulator  45.51 
 
 
317 aa  278  6e-74  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.133546  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0525  fhu operon transcriptional regulator  43.14 
 
 
307 aa  267  1e-70  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.262224  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1176  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 
290 aa  265  8.999999999999999e-70  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0849  transcriptional regulator, LysR family  42.62 
 
 
310 aa  257  1e-67  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1229  MarR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
301 aa  242  5e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0486  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
298 aa  196  5.000000000000001e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1367  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
301 aa  169  4e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000461256  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0552  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000594224  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0375  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 
301 aa  142  7e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.104168  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08390  LysR family regulator  37.04 
 
 
217 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0347693  normal  0.270686 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0410  hypothetical protein  32.35 
 
 
219 aa  131  1.0000000000000001e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.340572  hitchhiker  0.00753399 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0757  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 
307 aa  91.3  2e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0649321  hitchhiker  0.00000000000185675 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0858  transcriptional regulator, LysR family  23.05 
 
 
309 aa  90.1  5e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000521501  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
318 aa  88.2  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 
317 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 
308 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1875  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
307 aa  84.7  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.219767  normal  0.699734 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
303 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2673  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 
303 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 
315 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
303 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 
308 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 
296 aa  82  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
292 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5674  transcriptional regulator, LysR family  33.5 
 
 
294 aa  81.6  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  29.95 
 
 
301 aa  81.6  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3927  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
303 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0933  transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 
305 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 
303 aa  80.9  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.25562 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01251  DNA-binding transcriptional dual regulator, O-acetyl-L-serine-binding  27.68 
 
 
324 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.255079  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1845  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 
308 aa  80.5  0.00000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.313803  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2374  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 
324 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00240492  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1907  transcriptional regulator CysB  27.68 
 
 
324 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0524894  hitchhiker  2.34231e-17 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1475  transcriptional regulator CysB  27.68 
 
 
324 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00044374  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  25.24 
 
 
289 aa  80.5  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2353  transcriptional regulator CysB  27.68 
 
 
324 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0011024  unclonable  0.000000022716 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2628  transcriptional activator protein MetR  29.76 
 
 
299 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00235565  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1501  transcriptional regulator CysB  27.68 
 
 
324 aa  80.5  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.7918  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 
326 aa  80.5  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1856  transcriptional regulator CysB  27.68 
 
 
324 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.314733  hitchhiker  2.57931e-19 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01261  hypothetical protein  27.68 
 
 
324 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.234561  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 
301 aa  80.5  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1384  transcriptional regulator CysB  27.68 
 
 
324 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0301  transcriptional regulator CysB  25.43 
 
 
324 aa  80.1  0.00000000000004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1450  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 
305 aa  80.1  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.756367  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 
307 aa  79.7  0.00000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
311 aa  79.7  0.00000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1922  transcriptional regulator CysB  29.36 
 
 
324 aa  80.1  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.303693  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0360  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 
313 aa  79.7  0.00000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2228  transcriptional regulator CysB  29.36 
 
 
324 aa  80.1  0.00000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000587269  hitchhiker  0.00110252 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 
331 aa  80.1  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2032  transcriptional regulator CysB  29.36 
 
 
324 aa  80.1  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30659  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  24.6 
 
 
289 aa  79.7  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  29.91 
 
 
298 aa  79.3  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3783  transcriptional regulator, LysR family  28.64 
 
 
289 aa  79.3  0.00000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0207  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
306 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3287  LysR family transcriptional regulator  53.01 
 
 
316 aa  79.3  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2625  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 
299 aa  79.3  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000460304  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
303 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 
293 aa  79  0.00000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
303 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 
301 aa  79  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 
309 aa  78.6  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
303 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 
324 aa  78.2  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2656  transcriptional regulator CysB  28.9 
 
 
324 aa  78.6  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00546956  unclonable  0.0000000382364 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 
318 aa  78.6  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
305 aa  78.6  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0810  transcriptional regulator, LysR family  25.89 
 
 
307 aa  79  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 
321 aa  77.8  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1893  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
309 aa  78.2  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.917792 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1408  transcriptional regulator, LysR family  31.22 
 
 
312 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0263821  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.24 
 
 
292 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
297 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
305 aa  77.4  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3737  transcriptional regulator, LysR family  26.34 
 
 
307 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.295793  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
289 aa  77.8  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
321 aa  77.4  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.03 
 
 
303 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  34.01 
 
 
301 aa  77.4  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  47.37 
 
 
304 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1826  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 
327 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7090  transcriptional regulator, LysR family  29.95 
 
 
306 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 
321 aa  77.4  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 
313 aa  77  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0020  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 
330 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
323 aa  77  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.09 
 
 
304 aa  76.6  0.0000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  24.89 
 
 
292 aa  77  0.0000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5811  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 
303 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638559  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3454  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 
418 aa  76.6  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.321587  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2161  transcriptional regulator, LysR family  27.52 
 
 
324 aa  76.3  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.281423  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3718  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 
308 aa  76.3  0.0000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 
321 aa  76.3  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>