More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1229 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1229  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  616  1e-175  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0935  LysR-type transcriptional regulator  52.38 
 
 		 307 aa  325  7e-88  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1649  fhu operon transcription regulator  47.47 
 
 		 317 aa  298  1e-79  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.133546  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0901  putative metCcysK operon transcriptional activator  46.78 
 
 		 302 aa  297  1e-79  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.176333  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0368  transcriptional regulator, LysR family  47.96 
 
 		 304 aa  294  1e-78  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1728  transcriptional regulator, LysR family  45.24 
 
 		 313 aa  290  2e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0157868 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0525  fhu operon transcriptional regulator  47.12 
 
 		 307 aa  280  1e-74  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.262224  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0849  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 310 aa  273  3e-72  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1176  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 290 aa  270  2e-71  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08410  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 308 aa  258  1e-67  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00913981  normal  0.237754 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0408  transcriptional regulator, MarR family  43.2 
 
 		 307 aa  254  1.0000000000000001e-66  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.469679  hitchhiker  0.00908682 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0486  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0375  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.104168  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0552  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000594224  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1367  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000461256  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0410  hypothetical protein  34.48 
 
 		 219 aa  140  3e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.340572  hitchhiker  0.00753399 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08390  LysR family regulator  32.04 
 
 		 217 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0347693  normal  0.270686 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0757  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  100  4e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0649321  hitchhiker  0.00000000000185675 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 301 aa  95.1  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3915  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 301 aa  88.6  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6428  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 301 aa  88.2  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.410616 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  24.52 
 
 		 306 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6140  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 301 aa  87  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 297 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 297 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 297 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2673  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0810  transcriptional regulator, LysR family  29.22 
 
 		 307 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2625  transcriptional regulator, LysR family  49.28 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000460304  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 312 aa  84.3  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2385  LysR family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1238  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1556  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 309 aa  83.2  0.000000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00011369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0858  transcriptional regulator, LysR family  21.45 
 
 		 309 aa  83.2  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000521501  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2573  LysR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 320 aa  83.2  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3736  transcriptional regulator, LysR family  28.5 
 
 		 309 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4615  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.40562  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3454  LysR family transcriptional regulator  22.03 
 
 		 418 aa  81.3  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.321587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  24.09 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0360  LysR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 313 aa  80.1  0.00000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  22.97 
 
 		 312 aa  79.7  0.00000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.84 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3737  transcriptional regulator, LysR family  26.9 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.295793  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3416  DNA-binding transcriptional regulator CynR  44.3 
 
 		 288 aa  79.3  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.144678  normal  0.641219 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1875  LysR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.219767  normal  0.699734 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 307 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06000  transcriptional regulator  25.1 
 
 		 311 aa  78.2  0.0000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.271316 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.71 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4436  transcriptional regulator, LysR family  26.16 
 
 		 288 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.53692  normal  0.340151 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  29.8 
 
 		 301 aa  77.4  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 303 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 303 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 308 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5417  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.826157  normal  0.396347 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  22.79 
 
 		 301 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0157  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4866  transcriptional regulator, LysR family  24.53 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 306 aa  75.9  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2902  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 321 aa  75.9  0.0000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.187711  normal  0.331518 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 313 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  25.23 
 
 		 308 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 311 aa  75.9  0.0000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1156  LysR family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 306 aa  75.9  0.0000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 303 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 308 aa  75.5  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 307 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6822  LysR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  28.44 
 
 		 301 aa  75.1  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 302 aa  75.5  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 300 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0830  transcriptional regulator, LysR family  24.51 
 
 		 313 aa  75.5  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.398395  normal  0.0341942 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 316 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  22.98 
 
 		 306 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0107  transcriptional regulatory protein GltC, putative  26.21 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5695  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2546  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 298 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715041  normal  0.706169 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 320 aa  74.7  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  21.9 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  22.48 
 
 		 317 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  21.9 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  21.9 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  21.9 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 317 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3244  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 306 aa  73.9  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 309 aa  73.9  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  21.9 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>