More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_4615 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_4615  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 307 aa  637    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.40562  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2673  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 303 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0360  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1826  transcriptional regulator, LysR family  26.38 
 
 		 327 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4866  transcriptional regulator, LysR family  26.23 
 
 		 304 aa  108  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2038  transcriptional regulator, LysR family  26.06 
 
 		 306 aa  105  8e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367064  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3737  transcriptional regulator, LysR family  26.51 
 
 		 307 aa  98.6  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.295793  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0810  transcriptional regulator, LysR family  25.98 
 
 		 307 aa  96.3  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 319 aa  93.2  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2195  transcriptional regulator CysB  29.7 
 
 		 324 aa  91.7  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000422628 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01251  DNA-binding transcriptional dual regulator, O-acetyl-L-serine-binding  28.71 
 
 		 324 aa  87  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.255079  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2374  transcriptional regulator, LysR family  28.71 
 
 		 324 aa  87  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00240492  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1856  transcriptional regulator CysB  28.71 
 
 		 324 aa  87  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.314733  hitchhiker  2.57931e-19 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1907  transcriptional regulator CysB  28.71 
 
 		 324 aa  87  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0524894  hitchhiker  2.34231e-17 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1475  transcriptional regulator CysB  28.71 
 
 		 324 aa  87  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00044374  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2353  transcriptional regulator CysB  28.71 
 
 		 324 aa  87  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0011024  unclonable  0.000000022716 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01261  hypothetical protein  28.71 
 
 		 324 aa  87  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.234561  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1501  transcriptional regulator CysB  28.71 
 
 		 324 aa  87  4e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.7918  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1384  transcriptional regulator CysB  28.71 
 
 		 324 aa  87  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4911  transcriptional regulator, LysR family  25.24 
 
 		 303 aa  86.3  6e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000218109  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1434  transcriptional regulator CysB  28.71 
 
 		 324 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00237388  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1840  transcriptional regulator CysB  28.71 
 
 		 324 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000484032 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1902  transcriptional regulator CysB  28.71 
 
 		 324 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.834508  hitchhiker  4.2824e-16 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0933  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1844  transcriptional regulator CysB  28.71 
 
 		 324 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00679598 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3736  transcriptional regulator, LysR family  23.03 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0809  transcriptional regulator, LysR family  23.39 
 
 		 321 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1615  transcriptional regulator CysB  28.71 
 
 		 324 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000907367 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0901  putative metCcysK operon transcriptional activator  26.76 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.176333  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0127  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 311 aa  82.4  0.000000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.191807  hitchhiker  0.00233416 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1922  transcriptional regulator CysB  28.22 
 
 		 324 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.303693  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2032  transcriptional regulator CysB  28.22 
 
 		 324 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30659  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2161  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 324 aa  81.6  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.281423  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2656  transcriptional regulator CysB  28.22 
 
 		 324 aa  81.3  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00546956  unclonable  0.0000000382364 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0301  transcriptional regulator CysB  29.21 
 
 		 324 aa  81.3  0.00000000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5610  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 354 aa  81.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519955 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2228  transcriptional regulator CysB  28.22 
 
 		 324 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000587269  hitchhiker  0.00110252 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1923  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 324 aa  80.9  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2317  transcriptional regulator CysB  28.22 
 
 		 324 aa  80.1  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2016  transcriptional regulator CysB  28.22 
 
 		 324 aa  79.3  0.00000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.251178  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2428  transcriptional regulator CysB  29.21 
 
 		 323 aa  79  0.00000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4396  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 309 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.20014 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0525  fhu operon transcriptional regulator  24.17 
 
 		 307 aa  78.2  0.0000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.262224  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5558  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 309 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 308 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5655  transcriptional regulator, LysR family  28.8 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3902  LysR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 308 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  26.51 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  26.51 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3416  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.79 
 
 		 288 aa  76.6  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.144678  normal  0.641219 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0858  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 309 aa  76.6  0.0000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000521501  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1229  MarR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  26.56 
 
 		 306 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0935  LysR-type transcriptional regulator  29.13 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70560  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 310 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6121  putative transcriptional regulator  25.42 
 
 		 310 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  25.49 
 
 		 307 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.49 
 
 		 307 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1324  transcriptional regulator CysB  27.85 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.121135 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 319 aa  75.5  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3244  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 306 aa  75.5  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1689  transcriptional regulator CysB  28.57 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.372652  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 315 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2450  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 311 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  23.87 
 
 		 295 aa  74.3  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2077  transcriptional regulator CysB  26.02 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0047105 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  24.84 
 
 		 311 aa  73.9  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5417  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.826157  normal  0.396347 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 323 aa  73.9  0.000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  24.18 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1917  transcriptional regulator CysB-like protein  33.11 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.832664  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  25.24 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0849  transcriptional regulator, LysR family  28.36 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2096  transcriptional regulator CysB  26.92 
 
 		 324 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00807982  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 320 aa  73.2  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.24 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2279  Cys regulon transcriptional activator  26.02 
 
 		 324 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0003435  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.24 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.24 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.24 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1721  transcriptional regulator CysB-like protein  33.11 
 
 		 313 aa  73.2  0.000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.24 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  25.24 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.24 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4014  LysR family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 314 aa  72.8  0.000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.548061  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3717  transcriptional regulator, LysR family  24.7 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.168673 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01793  transcriptional regulator CysB  28.57 
 
 		 324 aa  72.8  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003883  regulatory protein CysB  28.57 
 
 		 324 aa  72.8  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.803514  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3810  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 312 aa  72.4  0.000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.251082 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.24 
 
 		 302 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1683  LysR family transcriptional regulator  22.85 
 
 		 323 aa  72  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0193555  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1537  transcriptional regulator CysB  29.93 
 
 		 324 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000242596  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>