More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5417 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5417  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  611  9.999999999999999e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.826157  normal  0.396347 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 		 307 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3051  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 312 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.683935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2998  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 312 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3086  MarR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 312 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2701  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 312 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1450  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.756367  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1408  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 312 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0263821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4505  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 308 aa  179  5.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.061822 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1299  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4103  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 300 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4432  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3970  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5758  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0665563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3822  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.563678  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4546  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.471439  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3287  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5811  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638559  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1940  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0957  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2219  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1244  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0296  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1663  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 338 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2910  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0206  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2711  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2585  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 306 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0218  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  149  8e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2168  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 310 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4171  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3344  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 329 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4822  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 329 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.01 
 
 		 298 aa  142  8e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5236  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.8 
 
 		 298 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.94 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3205  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 317 aa  134  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0988994 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1301  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.828365  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0947  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.401348 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.58 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5895  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0445545 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.22 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.22 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.22 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  30.22 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.22 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.22 
 
 		 302 aa  129  8.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2599  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  0.833483 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1826  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  hitchhiker  0.00784297 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  30.22 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1518  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4768  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.533402 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3599  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.601039  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.86 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5515  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3700  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 332 aa  124  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0546971  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2956  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.2285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3819  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 316 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.166193  normal  0.37605 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5141  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 317 aa  122  7e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.730925 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5134  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 342 aa  119  6e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  0.868057 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6018  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 320 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6318  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.988548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0795  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 316 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.556779 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 303 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3555  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6670  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 311 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128722  normal  0.169753 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7090  transcriptional regulator, LysR family  29.49 
 
 		 306 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 306 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2584  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0798399  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1974  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6961  transcriptional regulator, LysR family  29.61 
 
 		 316 aa  112  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 306 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0207  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 306 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5936  transcriptional regulator, LysR family  28.85 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0146  transcriptional regulator, LysR family  28.06 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 328 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3922  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 404 aa  108  8.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4197  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4846  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 338 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5423  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0829573  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5439  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1495  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0603097  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2110  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.136267  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0377  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1807  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0475  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0793  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7451  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 302 aa  106  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1765  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 315 aa  107  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5307  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 306 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0037216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4764  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 306 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3348  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 306 aa  105  7e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0103811 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0229  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 306 aa  105  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.983112 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  31.76 
 
 		 304 aa  105  9e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 318 aa  103  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26270  putative transcriptional regulator  29 
 
 		 329 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.338283  normal  0.903696 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>