More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3086 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3086  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  637    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2701  LysR family transcriptional regulator  96.15 
 
 		 312 aa  617  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3051  LysR family transcriptional regulator  95.83 
 
 		 312 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.683935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2998  LysR family transcriptional regulator  85.58 
 
 		 312 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5417  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 302 aa  212  5.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.826157  normal  0.396347 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1450  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 305 aa  146  5e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.756367  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1408  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0263821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3287  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 315 aa  139  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4505  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 308 aa  139  7e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.061822 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5895  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0445545 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0947  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.401348 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2585  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 306 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2711  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3344  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 329 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4822  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 329 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4171  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5811  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 303 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638559  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2910  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1518  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3599  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 304 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.601039  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4768  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 304 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.533402 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5515  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 304 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.66 
 
 		 298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2956  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.2285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1826  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  hitchhiker  0.00784297 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5236  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 311 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1301  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.828365  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3700  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 332 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0546971  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.56 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4432  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 300 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3970  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 300 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1299  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 300 aa  105  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4103  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0206  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1244  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1940  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0957  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1663  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 338 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5758  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0665563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4546  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.471439  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2219  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3822  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.563678  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0296  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2168  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 310 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0218  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1765  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 315 aa  102  6e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.6 
 
 		 302 aa  102  7e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.89 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6018  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 320 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6318  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 320 aa  99.8  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.988548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2599  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 319 aa  99.8  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  0.833483 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 302 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.24 
 
 		 302 aa  99.4  7e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.24 
 
 		 302 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.24 
 
 		 302 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.24 
 
 		 302 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  27.24 
 
 		 302 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.24 
 
 		 302 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.24 
 
 		 302 aa  99  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5141  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 317 aa  98.2  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.730925 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7451  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 302 aa  98.2  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3205  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 317 aa  97.1  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0988994 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  28.11 
 
 		 302 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 318 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0146  transcriptional regulator, LysR family  29.1 
 
 		 296 aa  95.1  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7090  transcriptional regulator, LysR family  25.51 
 
 		 306 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3819  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 316 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.166193  normal  0.37605 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6961  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 316 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0795  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 316 aa  94  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.556779 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  26.4 
 
 		 331 aa  89.7  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4197  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 310 aa  89.4  8e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0207  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 306 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5159  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 318 aa  88.6  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0837  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 308 aa  88.6  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.033112  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  26.9 
 
 		 325 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5134  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 342 aa  88.2  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  0.868057 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  27.88 
 
 		 289 aa  88.2  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 304 aa  87  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 304 aa  86.7  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26270  putative transcriptional regulator  39.04 
 
 		 329 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.338283  normal  0.903696 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3239  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.56 
 
 		 312 aa  86.7  5e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02985  DNA-binding transcriptional activator  25.56 
 
 		 312 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0585  transcriptional regulator, LysR family  25.56 
 
 		 312 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4431  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.56 
 
 		 312 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0908114 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02936  hypothetical protein  25.56 
 
 		 312 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3414  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.56 
 
 		 312 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3306  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.56 
 
 		 312 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180291  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0580  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.56 
 
 		 312 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3592  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.56 
 
 		 312 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  31.76 
 
 		 289 aa  85.9  7e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.21 
 
 		 290 aa  85.9  8e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0449  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 317 aa  85.9  9e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.206792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 320 aa  85.5  9e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6670  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 311 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128722  normal  0.169753 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4446  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.553142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 332 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 312 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>