More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5307 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5307  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  609  1e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0037216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4764  LysR family transcriptional regulator  98.37 
 
 		 306 aa  600  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3348  LysR family transcriptional regulator  94.77 
 
 		 306 aa  585  1e-166  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0103811 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0229  LysR family transcriptional regulator  94.77 
 
 		 306 aa  577  1e-164  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.983112 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5423  LysR family transcriptional regulator  94.12 
 
 		 306 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0829573  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4846  LysR family transcriptional regulator  94.12 
 
 		 306 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5439  LysR family transcriptional regulator  94.12 
 
 		 306 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0377  LysR family transcriptional regulator  80.2 
 
 		 299 aa  487  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1495  LysR family transcriptional regulator  80.2 
 
 		 299 aa  487  1e-136  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0603097  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1807  LysR family transcriptional regulator  80.2 
 
 		 299 aa  487  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0475  LysR family transcriptional regulator  80.2 
 
 		 299 aa  487  1e-136  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0793  LysR family transcriptional regulator  80.2 
 
 		 299 aa  487  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2110  LysR family transcriptional regulator  80.2 
 
 		 299 aa  487  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.136267  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5936  transcriptional regulator, LysR family  76.27 
 
 		 302 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2130  LysR family transcriptional regulator  76.34 
 
 		 190 aa  296  3e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2910  LysR family transcriptional regulator  40.39 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3344  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 329 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4822  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 329 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4171  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5236  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1826  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 316 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  hitchhiker  0.00784297 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1518  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.91 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2956  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 316 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.2285  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.87 
 
 		 298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4432  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3970  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2599  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 319 aa  155  8e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  0.833483 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4546  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.471439  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5758  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0665563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3822  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.563678  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1299  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 300 aa  152  8e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4103  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2711  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2168  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 310 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2585  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 306 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3700  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 332 aa  142  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0546971  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 315 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0296  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0957  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1940  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1663  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 338 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1244  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0218  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2219  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0206  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1765  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 315 aa  139  7e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6018  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6318  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.988548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5141  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.730925 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3555  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3819  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.166193  normal  0.37605 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.21 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5159  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 318 aa  135  7.000000000000001e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7090  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.01 
 
 		 302 aa  133  5e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.01 
 
 		 302 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.01 
 
 		 302 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  28.01 
 
 		 302 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.01 
 
 		 302 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.01 
 
 		 302 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3205  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 317 aa  132  9e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0988994 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  28.01 
 
 		 302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.72 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5811  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 303 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638559  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1408  transcriptional regulator, LysR family  30.32 
 
 		 312 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0263821  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1450  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.756367  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.69 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0207  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26270  putative transcriptional regulator  35.02 
 
 		 329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.338283  normal  0.903696 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0947  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.401348 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5895  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0445545 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4197  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7451  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5134  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 342 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  0.868057 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1301  transcriptional regulator, LysR family  33.76 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.828365  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0795  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 316 aa  119  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.556779 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6670  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128722  normal  0.169753 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0068  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6961  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 316 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0146  transcriptional regulator, LysR family  32.91 
 
 		 296 aa  113  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5515  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4768  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.533402 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3599  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.601039  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3287  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 316 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0254  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.56957 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4505  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.061822 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5417  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 302 aa  106  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.826157  normal  0.396347 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  31.69 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>