More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_1826 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_1826  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 327 aa  675    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2673  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0360  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4866  transcriptional regulator, LysR family  27.9 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4911  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000218109  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3736  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 309 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0809  transcriptional regulator, LysR family  27.41 
 
 		 321 aa  119  6e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4615  transcriptional regulator, LysR family  26.38 
 
 		 307 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.40562  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3737  transcriptional regulator, LysR family  25.87 
 
 		 307 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.295793  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0810  transcriptional regulator, LysR family  27.33 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2038  transcriptional regulator, LysR family  26.03 
 
 		 306 aa  108  9.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367064  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0933  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2450  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 311 aa  103  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 302 aa  99.4  7e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0620  transcriptional regulator, LysR family  26.22 
 
 		 301 aa  99  9e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1516  transcriptional regulator, LysR family  26.73 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3416  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.75 
 
 		 288 aa  94.7  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.144678  normal  0.641219 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 319 aa  94.4  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  22.88 
 
 		 301 aa  92.8  8e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 323 aa  91.7  1e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4060  hypothetical protein  27.47 
 
 		 311 aa  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0282036  normal  0.215669 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6511  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 		 315 aa  91.3  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  0.0531961 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1421  transcriptional regulator, LysR family  26.59 
 
 		 311 aa  90.9  3e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 		 316 aa  90.5  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  25.57 
 
 		 309 aa  90.5  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  24.27 
 
 		 313 aa  90.1  5e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  23.12 
 
 		 298 aa  89.7  6e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3244  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 306 aa  89.7  6e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  24.04 
 
 		 350 aa  89.4  8e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2442  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 300 aa  89  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3718  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 308 aa  88.2  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1875  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 307 aa  88.2  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.219767  normal  0.699734 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0270  redox-sensitive transcriptional activator OxyR  25.09 
 
 		 308 aa  87  3e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 316 aa  87.4  3e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 303 aa  87  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3761  redox-sensitive transcriptional activator OxyR  25.46 
 
 		 314 aa  86.3  7e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08410  transcriptional regulator  31.39 
 
 		 308 aa  85.9  8e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00913981  normal  0.237754 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 303 aa  85.9  8e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1252  transcriptional regulator, LysR family  24.76 
 
 		 308 aa  85.9  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  22.19 
 
 		 310 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4518  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  23.27 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  25.47 
 
 		 291 aa  84  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003883  regulatory protein CysB  28.78 
 
 		 324 aa  84.3  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.803514  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  23.99 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 311 aa  84  0.000000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4012  putative LysR family transcriptional regulator  22.19 
 
 		 317 aa  84.3  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 311 aa  84.3  0.000000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  22.09 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  24.54 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0858  transcriptional regulator, LysR family  24.1 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000521501  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  22.44 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.44 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  24.01 
 
 		 307 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  22.63 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2780  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 315 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.967057  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3960  LysR family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 320 aa  82.4  0.000000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.583838  normal  0.331614 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 308 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.13 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.01 
 
 		 307 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 304 aa  82.4  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1497  transcriptional regulator CysB  28.04 
 
 		 324 aa  82  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000166035  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05060  transcriptional regulator  33.11 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0375  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 301 aa  82.4  0.00000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.104168  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5655  transcriptional regulator, LysR family  25.19 
 
 		 310 aa  81.6  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1979  transcriptional regulator CysB  27.99 
 
 		 323 aa  81.6  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1689  transcriptional regulator CysB  28.78 
 
 		 324 aa  81.6  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.372652  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  25.75 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5558  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 309 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  23.57 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0020  LysR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 330 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1624  transcriptional regulator CysB  26.07 
 
 		 324 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.239161  normal  0.11593 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1324  transcriptional regulator CysB  28.15 
 
 		 324 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.121135 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0953  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 309 aa  81.3  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.618403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  23.33 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0714  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2469  transcriptional regulator CysB  27.82 
 
 		 324 aa  80.5  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2096  transcriptional regulator CysB  25.93 
 
 		 324 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00807982  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  25.64 
 
 		 343 aa  80.1  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  22.98 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  24.44 
 
 		 311 aa  80.1  0.00000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>