More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_06000 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_06000  transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  642    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.271316 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0757  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0649321  hitchhiker  0.00000000000185675 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0486  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 298 aa  94.4  2e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0935  LysR-type transcriptional regulator  25.08 
 
 		 307 aa  85.9  9e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3736  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 309 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0849  transcriptional regulator, LysR family  25.19 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0809  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 321 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 323 aa  77.8  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  24.91 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  24.91 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2673  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 303 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0810  transcriptional regulator, LysR family  26.33 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  30.37 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1367  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 301 aa  75.1  0.000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000461256  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.37 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1900  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 300 aa  75.1  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0375  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 301 aa  75.1  0.000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.104168  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1229  MarR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0552  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000594224  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3737  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 307 aa  73.9  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.295793  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7451  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0525  fhu operon transcriptional regulator  22.56 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.262224  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 297 aa  72.4  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 304 aa  72.4  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 305 aa  72  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.47 
 
 		 304 aa  72  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  29.32 
 
 		 343 aa  71.6  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 305 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 311 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 282 aa  70.5  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1028  LysR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 305 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2953  putative transcriptional regulator  28.65 
 
 		 308 aa  69.7  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2910  transcriptional regulator CysB-like protein  29.82 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.170902  normal  0.254391 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2818  putative transcriptional regulator  28.65 
 
 		 308 aa  69.7  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.238125  normal  0.998647 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2778  putative transcriptional regulator  28.65 
 
 		 308 aa  69.7  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2841  putative transcriptional regulator  28.65 
 
 		 308 aa  69.7  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.619943 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0368  transcriptional regulator, LysR family  22.22 
 
 		 304 aa  69.7  0.00000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1068  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 306 aa  69.7  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2737  putative transcriptional regulator  28.65 
 
 		 308 aa  69.7  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.093098  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 311 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 311 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 305 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  26.24 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1728  transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 		 313 aa  68.6  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0157868 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1442  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 306 aa  68.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.200576 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 299 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  24.07 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0004  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 309 aa  68.9  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0360  LysR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 313 aa  67.8  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 299 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  23.86 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  23.86 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 305 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  23.86 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 295 aa  68.2  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  23.86 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  23.86 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  27.75 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08410  transcriptional regulator  27.97 
 
 		 308 aa  67  0.0000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00913981  normal  0.237754 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  26.7 
 
 		 327 aa  67  0.0000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  28.27 
 
 		 298 aa  67  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 307 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 301 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 304 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2778  transcriptional regulator, LysR family  27.12 
 
 		 302 aa  66.6  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23055  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1678  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  27.45 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0901  putative metCcysK operon transcriptional activator  22.59 
 
 		 302 aa  66.6  0.0000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.176333  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.64 
 
 		 293 aa  66.2  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 304 aa  66.2  0.0000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 327 aa  66.2  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  23.95 
 
 		 302 aa  66.2  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  26.34 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 297 aa  65.9  0.0000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 305 aa  65.9  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 297 aa  65.9  0.0000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 305 aa  65.9  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 294 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 302 aa  65.9  0.0000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>