More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1028 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1028  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1068  LysR family transcriptional regulator  98.97 
 
 		 292 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1026  LysR family transcriptional regulator  92.44 
 
 		 292 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4591  LysR family transcriptional regulator  66.44 
 
 		 295 aa  368  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1340  putative transcriptional regulator  60.55 
 
 		 302 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15240  LysR family transcriptional regulator  60.9 
 
 		 302 aa  294  1e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182119  hitchhiker  0.000000000510266 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1939  LysR family transcriptional regulator  46.45 
 
 		 312 aa  230  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000010986  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3915  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5054  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 293 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3313  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 293 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139311  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5230  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 293 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.208833  normal  0.775541 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0609  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 292 aa  202  8e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  38.63 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3471  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 305 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0137  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.750096  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3167  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0532  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0719  LysR family regulatory protein  33.21 
 
 		 322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0714085  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2879  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0550  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 290 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 290 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 296 aa  144  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 299 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 290 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 299 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 299 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 299 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 307 aa  139  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 303 aa  139  4.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  34.01 
 
 		 312 aa  138  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40910  LysR family transcriptional regulatory protein  35.49 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3319  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  35.6 
 
 		 300 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 293 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 295 aa  136  4e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 296 aa  135  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  35.48 
 
 		 301 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 292 aa  135  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5341  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 294 aa  135  8e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 296 aa  135  9e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 300 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 294 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 323 aa  134  9.999999999999999e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4819  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  35.59 
 
 		 306 aa  133  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  35.59 
 
 		 306 aa  133  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  33.59 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1156  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 306 aa  133  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 299 aa  133  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1012  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 305 aa  133  5e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0144903  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 308 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 308 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 308 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2025  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 293 aa  132  6.999999999999999e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.639957  normal  0.141261 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 306 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 303 aa  132  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 303 aa  132  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 297 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 300 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5310  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1453799999999997e-20 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3524  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76062  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4305  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201551 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>