More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0368 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0368  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 304 aa  629  1e-179  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0935  LysR-type transcriptional regulator  57.09 
 
 		 307 aa  356  2.9999999999999997e-97  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1649  fhu operon transcription regulator  53.64 
 
 		 317 aa  340  2e-92  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.133546  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0901  putative metCcysK operon transcriptional activator  53.4 
 
 		 302 aa  338  7e-92  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.176333  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1728  transcriptional regulator, LysR family  50.85 
 
 		 313 aa  321  9.000000000000001e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0157868 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1176  LysR family transcriptional regulator  51.99 
 
 		 290 aa  311  1e-83  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0849  transcriptional regulator, LysR family  51.53 
 
 		 310 aa  310  2.9999999999999997e-83  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0525  fhu operon transcriptional regulator  51.53 
 
 		 307 aa  308  8e-83  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.262224  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0408  transcriptional regulator, MarR family  48 
 
 		 307 aa  294  1e-78  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.469679  hitchhiker  0.00908682 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1229  MarR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 301 aa  281  1e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08410  transcriptional regulator  44.48 
 
 		 308 aa  278  8e-74  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00913981  normal  0.237754 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0486  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 298 aa  180  2e-44  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0375  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.104168  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1367  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000461256  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0552  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 301 aa  166  2.9999999999999998e-40  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000594224  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0410  hypothetical protein  35.12 
 
 		 219 aa  140  1.9999999999999998e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.340572  hitchhiker  0.00753399 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08390  LysR family regulator  33.65 
 
 		 217 aa  139  6e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0347693  normal  0.270686 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0757  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 307 aa  125  8.000000000000001e-28  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0649321  hitchhiker  0.00000000000185675 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0858  transcriptional regulator, LysR family  29.78 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000521501  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4866  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1238  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 301 aa  89.4  8e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3736  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 309 aa  88.6  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3737  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 307 aa  85.9  8e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.295793  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2673  LysR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 303 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0360  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 313 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  25.99 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 339 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  24.73 
 
 		 308 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  29.6 
 
 		 339 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  29.61 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  26.34 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 308 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0933  transcriptional regulator, LysR family  24.92 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1045  fhu operon transcription regulator  27.41 
 
 		 306 aa  80.1  0.00000000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0140074  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1826  transcriptional regulator, LysR family  27.48 
 
 		 327 aa  80.1  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1845  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 308 aa  79.7  0.00000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.313803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.93 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0810  transcriptional regulator, LysR family  24.52 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2386  transcriptional regulator, LysR family  26.01 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.600972  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1072  transcriptional regulator, LysR family  30.52 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.304438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0809  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 321 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  25.33 
 
 		 300 aa  77  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3783  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2773  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  25.18 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3761  redox-sensitive transcriptional activator OxyR  29 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  26.53 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2625  transcriptional regulator, LysR family  46.84 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000460304  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 302 aa  75.5  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  25.25 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2863  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.97885  normal  0.374459 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 292 aa  75.1  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0835  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 282 aa  75.5  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2195  transcriptional regulator CysB  28.17 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000422628 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  26.13 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1783  MarR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000134706  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0551  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.863373 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2322  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3242  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 301 aa  74.3  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.783996  normal  0.606563 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3454  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 418 aa  75.1  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.321587  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01251  DNA-binding transcriptional dual regulator, O-acetyl-L-serine-binding  27.91 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.255079  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2374  transcriptional regulator, LysR family  27.91 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00240492  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  27.67 
 
 		 290 aa  73.9  0.000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1475  transcriptional regulator CysB  27.91 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00044374  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1384  transcriptional regulator CysB  27.91 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1907  transcriptional regulator CysB  27.91 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0524894  hitchhiker  2.34231e-17 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01261  hypothetical protein  27.91 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.234561  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  44.59 
 
 		 292 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0225  transcriptional regulator, LysR family  25.49 
 
 		 313 aa  73.9  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000929785  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1501  transcriptional regulator CysB  27.91 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.7918  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1856  transcriptional regulator CysB  27.91 
 
 		 324 aa  74.3  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.314733  hitchhiker  2.57931e-19 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2353  transcriptional regulator CysB  27.91 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0011024  unclonable  0.000000022716 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09290  transcriptional regulator  29.44 
 
 		 316 aa  73.9  0.000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.240748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 305 aa  73.6  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2171  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1615  transcriptional regulator CysB  28.17 
 
 		 324 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000907367 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1131  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 321 aa  73.6  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>