More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3921 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 305 aa  600  1e-170  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 305 aa  600  1e-170  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  67.55 
 
 		 307 aa  402  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 302 aa  371  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  51.01 
 
 		 306 aa  316  3e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 305 aa  305  8.000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  52.48 
 
 		 310 aa  303  2.0000000000000002e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  53.64 
 
 		 303 aa  296  3e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  47.97 
 
 		 297 aa  280  2e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.51 
 
 		 302 aa  280  2e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 306 aa  260  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 300 aa  255  8e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  43.67 
 
 		 304 aa  250  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 301 aa  249  5e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.85 
 
 		 321 aa  245  4.9999999999999997e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 317 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 317 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 317 aa  243  3e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  42.95 
 
 		 307 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  44.75 
 
 		 301 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 317 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 317 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  44.95 
 
 		 298 aa  240  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 317 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 324 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  43.1 
 
 		 320 aa  238  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 312 aa  214  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 315 aa  205  6e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4153  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 299 aa  202  7e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 317 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 317 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2216  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 311 aa  199  5e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  37.84 
 
 		 311 aa  197  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 313 aa  188  9e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2528  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 310 aa  182  6e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 310 aa  179  5.999999999999999e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  30.51 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 329 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 316 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 304 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  33.22 
 
 		 318 aa  135  7.000000000000001e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  32.81 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 318 aa  132  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 301 aa  132  6.999999999999999e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 283 aa  132  9e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  34.23 
 
 		 301 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.07 
 
 		 301 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 295 aa  129  8.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 319 aa  128  9.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0513  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.810346  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6622  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.255489 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6694  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 321 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.32621 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5289  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.127771  normal  0.048203 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6218  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 321 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215178 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1704  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 307 aa  122  9e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.407381  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5851  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 321 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121988  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3105  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1328  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2980  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  30.41 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3069  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 318 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.227283  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  27.96 
 
 		 316 aa  119  6e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 298 aa  119  6e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4629  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 332 aa  119  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5640  transcriptional regulator LysR family  33.07 
 
 		 300 aa  119  7e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 302 aa  119  9e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2943  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 326 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1297  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 318 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5847  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632072  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.17 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6176  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5647  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.287338 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3711  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.282395  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4657  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 334 aa  116  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2287  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  30.13 
 
 		 310 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 316 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3568  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>