More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_4220 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_4220  LysR substrate-binding  100 
 
 		 310 aa  635    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.829195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6511  transcriptional regulator, LysR family  62.06 
 
 		 315 aa  400  9.999999999999999e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  0.0531961 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2450  transcriptional regulator, LysR family  58.58 
 
 		 311 aa  391  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0650  transcriptional regulator, LysR family  48.48 
 
 		 313 aa  317  1e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.344002 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5655  transcriptional regulator, LysR family  48.03 
 
 		 310 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3761  redox-sensitive transcriptional activator OxyR  50.97 
 
 		 314 aa  311  1e-83  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0002  transcriptional regulator, LysR family  45.82 
 
 		 316 aa  273  4.0000000000000004e-72  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4767  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 313 aa  267  1e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  43.48 
 
 		 312 aa  261  1e-68  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2780  transcriptional regulator, LysR family  44.04 
 
 		 315 aa  243  3e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.967057  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0270  redox-sensitive transcriptional activator OxyR  36.54 
 
 		 308 aa  224  1e-57  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  38.91 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4028  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 323 aa  209  7e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 319 aa  205  6e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 316 aa  205  8e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.56 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  38.16 
 
 		 319 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  38.16 
 
 		 319 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  38.16 
 
 		 319 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  38.16 
 
 		 319 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 318 aa  203  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  35.79 
 
 		 300 aa  202  5e-51  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  38.16 
 
 		 319 aa  202  7e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 319 aa  201  9e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0953  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.618403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  37.83 
 
 		 319 aa  200  3e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  37.83 
 
 		 319 aa  200  3e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  37.83 
 
 		 319 aa  200  3e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  36.15 
 
 		 317 aa  199  6e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 321 aa  198  7.999999999999999e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 321 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 315 aa  197  3e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 315 aa  196  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 319 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 319 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 311 aa  195  9e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  36.3 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 317 aa  192  4e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  33.87 
 
 		 321 aa  191  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 318 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3718  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0020  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 330 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.74 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 301 aa  186  6e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.36 
 
 		 305 aa  185  9e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 309 aa  183  3e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.26 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.26 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.26 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.26 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.26 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.84 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.84 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  35.84 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 304 aa  182  8.000000000000001e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.84 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.84 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.84 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.84 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.84 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.08 
 
 		 296 aa  182  9.000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 318 aa  181  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  32.21 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.63 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0362  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  35.74 
 
 		 296 aa  178  8e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 308 aa  178  9e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.16 
 
 		 297 aa  178  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  36.73 
 
 		 311 aa  177  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.56 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  35.25 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 331 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  39.27 
 
 		 311 aa  176  3e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2381  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 308 aa  176  3e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128975  normal  0.338305 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  39.27 
 
 		 311 aa  176  5e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 323 aa  175  7e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>