More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4467 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4467  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  617  1e-176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0400691 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5722  transcriptional regulator, LysR family  56.36 
 
 		 296 aa  362  4e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437697  normal  0.903757 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7050  transcriptional regulator, LysR family  56.01 
 
 		 296 aa  358  4e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6244  transcriptional regulator, LysR family  55.67 
 
 		 296 aa  358  7e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235646  normal  0.352956 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7065  transcriptional regulator, LysR family  55.67 
 
 		 296 aa  358  8e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000862794  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4970  transcriptional regulator, LysR family  54.98 
 
 		 296 aa  353  1e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4972  transcriptional regulator, LysR family  55.33 
 
 		 296 aa  354  1e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5919  transcriptional regulator, LysR family  54.98 
 
 		 296 aa  353  1e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6562  transcriptional regulator, LysR family  54.98 
 
 		 296 aa  352  2.9999999999999997e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  31.28 
 
 		 301 aa  148  9e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 301 aa  148  9e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 301 aa  148  9e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  31.28 
 
 		 301 aa  148  9e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  31.28 
 
 		 301 aa  148  9e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 302 aa  148  9e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  31.28 
 
 		 301 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  31.28 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 295 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  30.04 
 
 		 297 aa  142  5e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  29.01 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 303 aa  139  7e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 295 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 296 aa  135  8e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 298 aa  135  9e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0350  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334528  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 323 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  28.01 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 302 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 302 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 296 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 326 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  28 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 326 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 326 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 292 aa  129  6e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 305 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 301 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0152  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 302 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.393989  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0578  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 298 aa  128  9.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5151  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.606064  normal  0.58822 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3167  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2879  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0532  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0550  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0137  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.750096  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 298 aa  126  5e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0719  LysR family regulatory protein  29.9 
 
 		 322 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0714085  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  27.64 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 296 aa  126  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 300 aa  125  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  29.5 
 
 		 306 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  29.5 
 
 		 304 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  29.5 
 
 		 306 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  29.5 
 
 		 306 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  29.5 
 
 		 306 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  29.5 
 
 		 306 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 298 aa  125  7e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0607  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 296 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.693427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0157  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 296 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0640  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 296 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 303 aa  125  9e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  29.5 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4594  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 325 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3244  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634923  normal  0.10907 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 314 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 295 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  30.52 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0916  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0216  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>