More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_1007 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008530  LGAS_1007  fhu operon transcription regulator  100 
 
 		 296 aa  607  9.999999999999999e-173  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000456933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1907  transcriptional regulator  50 
 
 		 289 aa  278  9e-74  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3479  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 297 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1975  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 295 aa  215  9e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0449  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 297 aa  207  1e-52  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1189  transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 		 300 aa  198  7e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.544335 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1358  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 296 aa  196  3e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18090  transcriptional regulator  34.58 
 
 		 289 aa  192  5e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27230  transcriptional regulator  34.74 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0943  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.10979  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07300  transcriptional regulator  31.38 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 289 aa  112  9e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  27.99 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  27.65 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.62 
 
 		 290 aa  101  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.99 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 296 aa  100  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  26.09 
 
 		 289 aa  100  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 299 aa  100  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 305 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 297 aa  99.4  6e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2431  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2025  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 293 aa  98.6  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.639957  normal  0.141261 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 308 aa  98.2  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 298 aa  97.4  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 308 aa  98.2  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 311 aa  97.1  3e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 318 aa  97.4  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 293 aa  97.1  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  26.19 
 
 		 289 aa  97.1  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 301 aa  96.7  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18090  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 319 aa  96.7  4e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.502124  normal  0.864979 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3918  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 299 aa  96.7  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.369694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 295 aa  95.9  7e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 295 aa  95.9  7e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  26.04 
 
 		 295 aa  95.9  7e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 295 aa  95.5  9e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0963  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 294 aa  95.5  9e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 320 aa  95.1  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0014  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 299 aa  95.5  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 293 aa  95.1  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0441  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 307 aa  94.7  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 307 aa  94.7  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1151  transcriptional regulator, LysR family  26.4 
 
 		 307 aa  94.7  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.88835 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 329 aa  94.4  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 295 aa  94.7  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  29.74 
 
 		 305 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3052  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 299 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1664  LysR substrate-binding protein  27.73 
 
 		 288 aa  93.6  3e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1618  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 311 aa  93.6  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 298 aa  94  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1923  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 324 aa  93.2  4e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 323 aa  92.8  5e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  27.05 
 
 		 303 aa  92.8  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 307 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 302 aa  92.8  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 314 aa  92.8  7e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 306 aa  92.8  7e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 306 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 306 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 293 aa  92.4  9e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  30.77 
 
 		 294 aa  92  9e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  33.16 
 
 		 300 aa  92.4  9e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01251  DNA-binding transcriptional dual regulator, O-acetyl-L-serine-binding  29.59 
 
 		 324 aa  92  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.255079  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2374  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 324 aa  92  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00240492  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1356  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 302 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0613141  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 303 aa  92  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1475  transcriptional regulator CysB  29.59 
 
 		 324 aa  92  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00044374  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1856  transcriptional regulator CysB  29.59 
 
 		 324 aa  92  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.314733  hitchhiker  2.57931e-19 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1907  transcriptional regulator CysB  29.59 
 
 		 324 aa  92  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0524894  hitchhiker  2.34231e-17 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 295 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.67 
 
 		 300 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1384  transcriptional regulator CysB  29.59 
 
 		 324 aa  92  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2353  transcriptional regulator CysB  29.59 
 
 		 324 aa  92  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0011024  unclonable  0.000000022716 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01261  hypothetical protein  29.59 
 
 		 324 aa  92  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.234561  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 306 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0216  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 301 aa  91.7  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1501  transcriptional regulator CysB  29.59 
 
 		 324 aa  92  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.7918  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.22 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  31.22 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 294 aa  91.3  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  25.83 
 
 		 307 aa  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  26.97 
 
 		 295 aa  91.7  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  31.22 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>