More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_18090 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_18090  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 319 aa  634    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.502124  normal  0.864979 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 309 aa  391  1e-107  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4229  putative LysR family transcriptional regulator  73.09 
 
 		 301 aa  382  1e-105  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.552994  normal  0.0655244 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  71.38 
 
 		 298 aa  378  1e-104  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  65.17 
 
 		 294 aa  360  2e-98  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1618  LysR family transcriptional regulator  66.33 
 
 		 311 aa  358  7e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3051  transcriptional regulator, LysR family  61.48 
 
 		 285 aa  276  4e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.32995  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  51.28 
 
 		 343 aa  241  7.999999999999999e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  45.59 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  44.95 
 
 		 289 aa  209  6e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1281  transcriptional regulator, LysR family  45.35 
 
 		 290 aa  200  3e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20663  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  47.79 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  49.4 
 
 		 303 aa  188  9e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1670  LysR substrate-binding protein  43.62 
 
 		 287 aa  182  4.0000000000000006e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.903503  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3861  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 294 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.378583  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 297 aa  159  6e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1427  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 295 aa  155  8e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  41.63 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  37.77 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  35.77 
 
 		 302 aa  149  4e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 301 aa  149  6e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2265  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.52 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2155  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.73 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.971753  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  33.74 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1045  transcriptional regulator, LysR family  41.32 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.13 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.35 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.13 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.13 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.22 
 
 		 299 aa  144  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  38.22 
 
 		 299 aa  144  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  38.22 
 
 		 299 aa  144  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 305 aa  144  3e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  39.49 
 
 		 350 aa  143  3e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 310 aa  144  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0390  transcriptional regulator, LysR family  39.68 
 
 		 293 aa  144  3e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.530873  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.61 
 
 		 299 aa  143  4e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  39.37 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 298 aa  140  3.9999999999999997e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 310 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 320 aa  139  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2119  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  35.71 
 
 		 292 aa  139  7.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0904041 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0328  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 299 aa  139  7.999999999999999e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280372 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1012  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 305 aa  139  8.999999999999999e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0144903  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  32.01 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  40.94 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  40.26 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 295 aa  136  4e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 308 aa  137  4e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.37 
 
 		 300 aa  136  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  31.18 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 300 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 299 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0746  transcriptional regulator, LysR family  44.29 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.265691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4819  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 300 aa  134  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 301 aa  134  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 310 aa  133  5e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2077  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 302 aa  132  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.527728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  35.52 
 
 		 292 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4518  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 302 aa  132  6e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  34.83 
 
 		 292 aa  132  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  34.83 
 
 		 292 aa  132  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>