More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3863 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3863  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  630  1e-180  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4285  LysR family transcriptional regulator  77.78 
 
 		 295 aa  483  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3057  LysR family transcriptional regulator  52.23 
 
 		 295 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2695  LysR family transcriptional regulator  52.23 
 
 		 298 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.698088  normal  0.563748 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001561  transcriptional regulator LysR family  38.31 
 
 		 296 aa  218  1e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2130  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  38.98 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.809904  hitchhiker  0.00950877 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0879  transcriptional regulator, LysR-family  38.64 
 
 		 292 aa  214  9.999999999999999e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4244  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.291884 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05499  transcriptional regulator  37.16 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1817  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0811  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1242  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 293 aa  199  5e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.120176 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 297 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  30.98 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 307 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3380  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.53239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 307 aa  142  5e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 296 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 307 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 298 aa  138  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  27.81 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 312 aa  136  4e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 295 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 322 aa  136  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  28.48 
 
 		 300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 295 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 		 302 aa  135  8e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 295 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  31.23 
 
 		 306 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.9 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  28.71 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 313 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 300 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.68 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 298 aa  132  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 313 aa  130  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 317 aa  129  6e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.12 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 305 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 301 aa  125  8.000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  26.91 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 302 aa  124  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 306 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 310 aa  122  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 293 aa  122  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  28.9 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4125  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0971923 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4776  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3391  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.279491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5168  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 297 aa  119  9e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3330  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.718277 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>