More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3237 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  606  9.999999999999999e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  73.72 
 
 		 295 aa  473  1e-132  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2471  transcriptional regulator, LysR family  68.37 
 
 		 299 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1953  LysR family transcriptional regulator  68.47 
 
 		 297 aa  421  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139294 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6154  transcriptional regulator, LysR family  64.53 
 
 		 297 aa  396  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2269  transcriptional regulator, LysR family  67.23 
 
 		 297 aa  388  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0134543  normal  0.0909458 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  62.84 
 
 		 297 aa  384  1e-106  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2045  transcriptional regulator, LysR family  68.58 
 
 		 297 aa  385  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  63.01 
 
 		 297 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1134  transcriptional regulator, LysR family  61.49 
 
 		 297 aa  380  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.329644 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2916  transcriptional regulator, LysR family  62.71 
 
 		 297 aa  379  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1771  LysR family transcriptional regulator  61.49 
 
 		 297 aa  374  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0205  transcription regulator protein  61.56 
 
 		 300 aa  371  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.711353 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1360  transcriptional regulator, LysR family  61.36 
 
 		 297 aa  368  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2286  LysR family transcriptional regulator  61.82 
 
 		 297 aa  364  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.493091 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3337  LysR family transcriptional regulator  58.11 
 
 		 302 aa  361  7.0000000000000005e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0328  LysR family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 297 aa  359  4e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.312105 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2096  LysR family transcriptional regulator  57.82 
 
 		 306 aa  358  5e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.785478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8334  transcriptional regulator, LysR family  57.77 
 
 		 297 aa  358  7e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.671747  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1505  transcriptional regulator, LysR family  57.77 
 
 		 297 aa  358  7e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.374056  normal  0.424534 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4800  LysR family transcriptional regulator  59.46 
 
 		 297 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.377445  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03073  transcription regulator protein  57.09 
 
 		 297 aa  356  1.9999999999999998e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38010  LysR family transcriptional regulator  58.45 
 
 		 297 aa  355  5.999999999999999e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8328  transcriptional regulator, LysR family  60.47 
 
 		 310 aa  353  2e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32470  Transcriptional regulator LysR family protein  56.57 
 
 		 297 aa  352  4e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2010  transcriptional regulator, LysR family  58.16 
 
 		 295 aa  352  4e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35510  Regulatory protein, LysR family  55.14 
 
 		 301 aa  350  2e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3068  transcriptional regulator  58.64 
 
 		 306 aa  348  4e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3612  transcriptional regulator, LysR family  58.11 
 
 		 296 aa  348  7e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0631  LysR family transcriptional regulator  58.11 
 
 		 296 aa  348  8e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5052  LysR family transcriptional regulator  55.25 
 
 		 299 aa  347  1e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4527  LysR family transcriptional regulator  55.25 
 
 		 312 aa  346  2e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3099  LysR family transcriptional regulator  61.02 
 
 		 299 aa  345  5e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0573562 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0040  transcriptional regulator, LysR family  59.52 
 
 		 303 aa  345  5e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2350  LysR family transcriptional regulator  55.41 
 
 		 298 aa  345  6e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2289  LysR family transcriptional regulator  56.08 
 
 		 297 aa  344  1e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1142  transcriptional regulator, LysR family  57.09 
 
 		 297 aa  343  2e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.406449 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0839  LysR family transcriptional regulator  55.41 
 
 		 297 aa  343  2e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0678785 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5839  LysR family transcriptional regulator  58.11 
 
 		 305 aa  343  2e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.482004 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0522  LysR family transcriptional regulator  54.73 
 
 		 297 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0037092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2317  transcriptional regulator, LysR family  56.08 
 
 		 298 aa  342  5e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.216454  normal  0.852232 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1976  transcriptional regulator, LysR family  55.07 
 
 		 299 aa  342  5.999999999999999e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748438 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32480  Transcriptional regulator LysR family protein  56.61 
 
 		 300 aa  342  5.999999999999999e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1360  LysR family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 297 aa  340  1e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.264999  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5747  transcriptional regulator, LysR family  55.74 
 
 		 304 aa  340  1e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.017343  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6469  LysR family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 297 aa  340  1e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0548858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1541  LysR family transcriptional regulator  54.73 
 
 		 299 aa  340  2e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2296  LysR family transcriptional regulator  54.73 
 
 		 299 aa  340  2e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01306  predicted DNA-binding transcriptional regulator  54.39 
 
 		 299 aa  339  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.387264  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2317  transcriptional regulator, LysR family  54.39 
 
 		 299 aa  339  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.342284  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1444  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 299 aa  339  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01316  hypothetical protein  54.39 
 
 		 299 aa  339  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.370669  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1568  transcriptional regulator, LysR family  54.39 
 
 		 299 aa  339  4e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2930  transcriptional regulator, LysR family  56.08 
 
 		 296 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1793  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 299 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0049  LysR family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 295 aa  335  3.9999999999999995e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5712  transcriptional regulator, LysR family  53.74 
 
 		 300 aa  332  3e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.908297 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4718  LysR family transcriptional regulator  56.55 
 
 		 291 aa  332  4e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2455  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 295 aa  331  9e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.271486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6375  LysR family transcriptional regulator  55.41 
 
 		 297 aa  328  9e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.429031 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3801  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.01 
 
 		 297 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000297403 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4855  transcriptional regulator, LysR family  52.19 
 
 		 298 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0794754  normal  0.116025 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5627  LysR family transcriptional regulator  55.41 
 
 		 297 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0387967 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6827  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 297 aa  326  3e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3000  LysR family substrate binding transcriptional regulator  55.89 
 
 		 297 aa  325  5e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1903  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  55.89 
 
 		 297 aa  325  5e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435241 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3077  LysR family transcriptional regulator  55.89 
 
 		 297 aa  325  5e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4450  LysR family transcriptional regulator  52.36 
 
 		 297 aa  322  3e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.844773  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1578  transcriptional regulator, LysR family  51.01 
 
 		 297 aa  322  4e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.801813  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4793  LysR family transcriptional regulator  53.42 
 
 		 328 aa  322  4e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6790  LysR family transcriptional regulator  53.08 
 
 		 301 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.447849 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5478  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 297 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4886  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 297 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5384  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 297 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0654  transcriptional regulator, LysR family  56.42 
 
 		 297 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479853  normal  0.295928 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2119  transcriptional regulator, LysR family  51.52 
 
 		 297 aa  314  9.999999999999999e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0148604  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3994  transcriptional regulator LysR family  54.08 
 
 		 297 aa  311  7.999999999999999e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35490  LysR family transcriptional regulator protein  51.85 
 
 		 297 aa  311  1e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5477  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 301 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5385  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 301 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.253203 
 
 
-
 
NC_004310  BR0060  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 297 aa  310  2.9999999999999997e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1212  LysR family transcriptional regulator  53.04 
 
 		 297 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.798915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0059  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 297 aa  310  2.9999999999999997e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183636  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4885  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 301 aa  308  5e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0934  transcriptional regulator, LysR family  56.12 
 
 		 299 aa  308  1.0000000000000001e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.411668 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4225  LysR family transcriptional regulator  55.81 
 
 		 275 aa  305  8.000000000000001e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.795038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1715  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 297 aa  301  9e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 297 aa  276  2e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0476  LysR family transcriptional regulator  51.84 
 
 		 318 aa  276  3e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  48.23 
 
 		 301 aa  273  3e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 301 aa  272  5.000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2205  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 300 aa  271  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.316824  normal  0.0546535 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 303 aa  270  2e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0403  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 298 aa  267  2e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.539127 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  43.99 
 
 		 305 aa  266  4e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 297 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0716  transcriptional regulator, LysR family  45.08 
 
 		 294 aa  261  6.999999999999999e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 296 aa  260  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42060  putative transcriptional regulator  43.73 
 
 		 304 aa  260  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3395  transcriptional regulator, LysR family  45.58 
 
 		 294 aa  259  3e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>