More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001561 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_001561  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 296 aa  606  9.999999999999999e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05499  transcriptional regulator  93.88 
 
 		 298 aa  570  1e-161  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0879  transcriptional regulator, LysR-family  83.56 
 
 		 292 aa  503  1e-141  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2130  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  80.34 
 
 		 296 aa  487  1e-136  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.809904  hitchhiker  0.00950877 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0811  LysR family transcriptional regulator  64.91 
 
 		 296 aa  387  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1817  LysR family transcriptional regulator  62.76 
 
 		 296 aa  387  1e-106  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1242  LysR family transcriptional regulator  58.13 
 
 		 293 aa  349  3e-95  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.120176 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3863  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4285  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 295 aa  215  7e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3057  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 295 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2695  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.698088  normal  0.563748 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4244  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.291884 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3380  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 301 aa  150  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.53239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 322 aa  142  8e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 307 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 307 aa  136  3.0000000000000003e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 313 aa  136  5e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 316 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 297 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 297 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 317 aa  132  5e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 317 aa  132  5e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 317 aa  132  6e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 317 aa  132  6e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 317 aa  132  6e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 317 aa  132  6e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 317 aa  132  6e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 299 aa  130  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  30.69 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  29.67 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.72 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 296 aa  125  7e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 296 aa  125  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 305 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 322 aa  123  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 305 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.23 
 
 		 304 aa  122  9e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 312 aa  122  9e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.07 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0576  transcriptional regulator  30.2 
 
 		 289 aa  115  7.999999999999999e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1556  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00011369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  28.95 
 
 		 306 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2509  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 314 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123879  normal  0.290889 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 301 aa  113  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 300 aa  112  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 302 aa  112  7.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 302 aa  112  7.000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  26.16 
 
 		 298 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1581  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 325 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.772749  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  27.89 
 
 		 308 aa  109  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1039  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 321 aa  110  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.204243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  27.89 
 
 		 308 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  27.89 
 
 		 308 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  27.89 
 
 		 308 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.9 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1555  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 325 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.729092  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1743  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 325 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  27.55 
 
 		 308 aa  108  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4125  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0971923 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4776  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5168  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3391  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.279491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0634  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 325 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0961605  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1353  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 325 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0832  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 325 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3330  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0521  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 325 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 328 aa  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2595  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 301 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 302 aa  106  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3121  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 301 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.739955  normal  0.0893475 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 310 aa  106  6e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>