More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3057 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3057  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2695  LysR family transcriptional regulator  98.31 
 
 		 298 aa  584  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.698088  normal  0.563748 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3863  LysR family transcriptional regulator  52.23 
 
 		 307 aa  302  4.0000000000000003e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4285  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 295 aa  293  3e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0811  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 296 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4244  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 298 aa  232  6e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.291884 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05499  transcriptional regulator  39.64 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001561  transcriptional regulator LysR family  39.29 
 
 		 296 aa  212  4.9999999999999996e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2130  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  40.29 
 
 		 296 aa  211  1e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.809904  hitchhiker  0.00950877 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0879  transcriptional regulator, LysR-family  38.63 
 
 		 292 aa  206  3e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1242  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 293 aa  205  9e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.120176 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1817  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 296 aa  189  4e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  31.03 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 317 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 317 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 317 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 317 aa  138  8.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 317 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 317 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 317 aa  136  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 313 aa  136  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 300 aa  135  9e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3380  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 301 aa  132  6e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.53239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2126  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 334 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2509  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123879  normal  0.290889 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 312 aa  129  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  34.36 
 
 		 306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 296 aa  129  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 293 aa  129  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 322 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.11 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 310 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 305 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  125  6e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 307 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 305 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 299 aa  125  8.000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 299 aa  125  8.000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 307 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 300 aa  124  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 307 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.81 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 298 aa  122  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 314 aa  122  5e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 305 aa  123  5e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 308 aa  122  6e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  122  6e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 307 aa  122  6e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 305 aa  122  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3121  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 301 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.739955  normal  0.0893475 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2736  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 301 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2595  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 301 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.07 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2430  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 364 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 302 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 298 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 298 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 313 aa  119  9e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 298 aa  119  9e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  29.49 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>