More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0576 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0576  transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  578  1e-164  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3380  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 301 aa  168  8e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.53239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0879  transcriptional regulator, LysR-family  30.86 
 
 		 292 aa  122  5e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05499  transcriptional regulator  30.2 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1817  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1242  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 293 aa  115  7.999999999999999e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.120176 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001561  transcriptional regulator LysR family  30.2 
 
 		 296 aa  115  7.999999999999999e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2130  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  31.28 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.809904  hitchhiker  0.00950877 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0811  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 294 aa  91.3  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4604  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 294 aa  90.9  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1767  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 294 aa  90.9  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4285  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 295 aa  89.7  5e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4979  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 294 aa  89  8e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398741  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3170  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 294 aa  89  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5149  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 294 aa  89  9e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5710  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 294 aa  89  9e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 301 aa  87  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3863  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 307 aa  87  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 298 aa  87  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 298 aa  87  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3122  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 294 aa  87.4  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4529  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 294 aa  87  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2671  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.32 
 
 		 313 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00916902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3057  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6686  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4244  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.291884 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  30.8 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5056  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 375 aa  82.4  0.000000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5095  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 308 aa  82.4  0.000000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.2375 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 		 294 aa  82  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4876  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 335 aa  82.4  0.000000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0982311 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2695  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.698088  normal  0.563748 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0914  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.28 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0187  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 322 aa  80.5  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.502015  normal  0.832957 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3872  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2446  transcriptional regulator, LysR family  27.42 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  37.42 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 312 aa  79.7  0.00000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 306 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  36.31 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 294 aa  79.7  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  32.65 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 297 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 297 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 307 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 294 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  27.45 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2350  transcriptional regulator, LysR family  26.33 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 307 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01379  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.1 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2224  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1844  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 307 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 313 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  28.74 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 339 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0070  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01391  hypothetical protein  33.1 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0961  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 284 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3284  transcriptional regulator, LysR family  33.76 
 
 		 298 aa  77  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0807  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  24.5 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3526  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  26.37 
 
 		 327 aa  75.9  0.0000000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4590  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 318 aa  75.9  0.0000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  28.14 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10830  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 291 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 298 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2509  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 314 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123879  normal  0.290889 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4400  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 311 aa  75.5  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.34 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.3 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  22.8 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>