More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4400 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4400  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  611  9.999999999999999e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4590  LysR family transcriptional regulator  70.78 
 
 		 318 aa  396  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3885  transcriptional regulator, LysR family  66.34 
 
 		 315 aa  362  6e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  58.36 
 
 		 298 aa  322  7e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3284  transcriptional regulator, LysR family  56.72 
 
 		 298 aa  299  5e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  55 
 
 		 289 aa  296  2e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2994  LysR family transcriptional regulator  49.38 
 
 		 348 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2857  LysR family transcriptional regulator  49.38 
 
 		 348 aa  278  6e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.682675 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2942  LysR family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 341 aa  264  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  50.99 
 
 		 299 aa  264  2e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  49.34 
 
 		 294 aa  261  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6301  LysR family transcriptional regulator  51.74 
 
 		 348 aa  259  4e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2970  LysR family transcriptional regulator  49.84 
 
 		 349 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2335  LysR family transcriptional regulator  49.84 
 
 		 349 aa  255  7e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.642947  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2949  LysR family transcriptional regulator  49.84 
 
 		 349 aa  255  7e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.621392  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0160  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 291 aa  242  7e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 323 aa  231  9e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.95 
 
 		 291 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0607  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 316 aa  201  1.9999999999999998e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 322 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 322 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 283 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 283 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 284 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 293 aa  143  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 311 aa  142  6e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2656  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 277 aa  142  7e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.543187 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 285 aa  142  8e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 299 aa  142  8e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 295 aa  142  9e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 289 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  31.99 
 
 		 312 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  31.99 
 
 		 312 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  31.99 
 
 		 312 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1974  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 281 aa  139  3.9999999999999997e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.601585  normal  0.717354 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  31.65 
 
 		 312 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  31.23 
 
 		 312 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  30.9 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  30.9 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  30.9 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  30.9 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  30.9 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  30.9 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  34.11 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  30.9 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2512  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 278 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 309 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 292 aa  136  6.0000000000000005e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 312 aa  135  8e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  32.84 
 
 		 290 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 303 aa  134  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  32.25 
 
 		 285 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  34.07 
 
 		 280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 294 aa  134  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 283 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  37.68 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 305 aa  132  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  33.59 
 
 		 283 aa  132  6e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 301 aa  132  6e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  35.29 
 
 		 324 aa  132  6.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  35.43 
 
 		 289 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 304 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 316 aa  132  6.999999999999999e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 290 aa  132  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 296 aa  132  9e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3930  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.983373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  33.59 
 
 		 283 aa  131  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 291 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4190  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0252504  normal  0.417297 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 282 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 282 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 310 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  31.39 
 
 		 309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  31.39 
 
 		 309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0996  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.257819  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 291 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 291 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 291 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 282 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 283 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0276  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 298 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.000191888  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>