More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3993 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  73.22 
 
 		 296 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  75.27 
 
 		 283 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  75.27 
 
 		 283 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  74.2 
 
 		 283 aa  454  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  78.87 
 
 		 284 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  73.85 
 
 		 283 aa  450  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  75.27 
 
 		 284 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  74.3 
 
 		 284 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  73.94 
 
 		 284 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  43.77 
 
 		 309 aa  229  3e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 321 aa  226  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 322 aa  226  3e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  47.1 
 
 		 290 aa  221  9e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  40.36 
 
 		 322 aa  219  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  40.36 
 
 		 322 aa  219  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  41.36 
 
 		 332 aa  218  1e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 317 aa  217  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 316 aa  214  9.999999999999999e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 294 aa  211  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 279 aa  206  3e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 284 aa  205  8e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 290 aa  200  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  39.49 
 
 		 285 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 298 aa  198  7.999999999999999e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 295 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 296 aa  195  9e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  36.56 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 285 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 285 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 289 aa  193  3e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 294 aa  193  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 281 aa  192  5e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 283 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 304 aa  189  5e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  42.17 
 
 		 289 aa  188  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 282 aa  187  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  42.05 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 299 aa  187  3e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 291 aa  187  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 291 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 291 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 291 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 291 aa  186  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 285 aa  185  6e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 282 aa  186  6e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 299 aa  185  8e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 284 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 		 285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  41.34 
 
 		 313 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  38.55 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 282 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000122814 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 290 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 289 aa  179  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 292 aa  179  4.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  37.98 
 
 		 299 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  42.48 
 
 		 289 aa  179  5.999999999999999e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 290 aa  178  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 295 aa  176  5e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 303 aa  175  8e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3101  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.04033 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 287 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  38.81 
 
 		 317 aa  172  5.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 287 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 316 aa  172  6.999999999999999e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  36.92 
 
 		 316 aa  171  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4068  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 292 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 282 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 287 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  37.59 
 
 		 324 aa  170  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 291 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 316 aa  170  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  38.31 
 
 		 309 aa  169  4e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  38.31 
 
 		 309 aa  169  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  33.69 
 
 		 298 aa  169  7e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 283 aa  168  9e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0368  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 285 aa  168  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 283 aa  167  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 282 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 282 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 283 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 283 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7706  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 283 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2647  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 326 aa  166  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 291 aa  166  5e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 294 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 312 aa  165  6.9999999999999995e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>