More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2857 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2857  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 348 aa  672    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.682675 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2994  LysR family transcriptional regulator  96.84 
 
 		 348 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2970  LysR family transcriptional regulator  82.18 
 
 		 349 aa  501  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2335  LysR family transcriptional regulator  83.62 
 
 		 349 aa  501  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.642947  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2949  LysR family transcriptional regulator  83.62 
 
 		 349 aa  501  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.621392  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6301  LysR family transcriptional regulator  82.23 
 
 		 348 aa  499  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2942  LysR family transcriptional regulator  82.1 
 
 		 341 aa  477  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  56.97 
 
 		 298 aa  335  5.999999999999999e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3885  transcriptional regulator, LysR family  55.59 
 
 		 315 aa  302  6.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3284  transcriptional regulator, LysR family  54.15 
 
 		 298 aa  300  3e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  50.32 
 
 		 289 aa  286  4e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4590  LysR family transcriptional regulator  51.08 
 
 		 318 aa  285  7e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4400  LysR family transcriptional regulator  50.3 
 
 		 311 aa  284  2.0000000000000002e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  48.43 
 
 		 294 aa  278  8e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  50.47 
 
 		 299 aa  277  2e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.13 
 
 		 291 aa  245  8e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0607  transcriptional regulator, LysR family  43.24 
 
 		 298 aa  242  7e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  43.13 
 
 		 323 aa  233  3e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0160  transcriptional regulator, LysR family  43.57 
 
 		 291 aa  229  7e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 316 aa  224  1e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2656  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 277 aa  172  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.543187 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 290 aa  169  9e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 284 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  33.86 
 
 		 284 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 283 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 283 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 311 aa  162  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.23 
 
 		 312 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.23 
 
 		 312 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.23 
 
 		 312 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.91 
 
 		 312 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 316 aa  160  4e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 280 aa  160  5e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  33.87 
 
 		 317 aa  159  6e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 292 aa  159  7e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 290 aa  159  9e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.91 
 
 		 312 aa  159  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  31.95 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  31.95 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  31.95 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 316 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  31.95 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 		 312 aa  157  3e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  31.95 
 
 		 312 aa  157  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  31.95 
 
 		 312 aa  157  4e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  31.95 
 
 		 312 aa  157  4e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2512  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 278 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  32.59 
 
 		 283 aa  155  9e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3930  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 283 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.983373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  33.78 
 
 		 309 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 301 aa  151  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  33.78 
 
 		 309 aa  151  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  32.7 
 
 		 290 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  31.63 
 
 		 283 aa  150  5e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  34.25 
 
 		 332 aa  149  6e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  33.86 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 285 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 309 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 298 aa  146  5e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.65 
 
 		 296 aa  146  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 296 aa  146  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 294 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 294 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 283 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 283 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 285 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 283 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 284 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 283 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 291 aa  144  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 285 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 289 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 291 aa  143  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 306 aa  143  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 283 aa  143  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 283 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26470  LysR family transcriptional regulator protein  37.55 
 
 		 317 aa  142  6e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 294 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1168  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 291 aa  143  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.851796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 299 aa  142  7e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 294 aa  142  9e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 291 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 294 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0274  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 283 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>