More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2512 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2512  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 278 aa  542  1e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2656  LysR family transcriptional regulator  58.5 
 
 		 277 aa  281  6.000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.543187 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  45.53 
 
 		 299 aa  176  3e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 294 aa  172  5e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3690  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 281 aa  171  1e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.129943  normal  0.235682 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 323 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2994  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 348 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  42.37 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2857  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 348 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.682675 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 316 aa  162  7e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  36.51 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 316 aa  159  3e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 321 aa  159  4e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 311 aa  159  4e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4590  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 318 aa  159  6e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 322 aa  158  9e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  40.19 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 311 aa  155  8e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 286 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 282 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 286 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 286 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 286 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  35.71 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  35.71 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 321 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 367 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  41.13 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  35.71 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  35.71 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.66 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  41.13 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  35.71 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 286 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 309 aa  152  4e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  36.68 
 
 		 312 aa  152  5e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  36.68 
 
 		 312 aa  152  5e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  36.68 
 
 		 312 aa  152  5e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 312 aa  152  5e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  36.68 
 
 		 312 aa  152  5e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 289 aa  152  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  36.68 
 
 		 312 aa  152  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  36.68 
 
 		 312 aa  152  7e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 312 aa  152  8e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  37.61 
 
 		 316 aa  152  8e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  36.68 
 
 		 312 aa  152  8e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0160  transcriptional regulator, LysR family  40.23 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6301  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 348 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 282 aa  149  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 282 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 282 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 282 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 328 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2942  LysR family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 341 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 		 316 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2970  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 349 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4190  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0252504  normal  0.417297 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 282 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2335  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 349 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.642947  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2949  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 349 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.621392  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 312 aa  145  7.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  39.21 
 
 		 284 aa  145  9e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  37.4 
 
 		 280 aa  144  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4400  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 311 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3284  transcriptional regulator, LysR family  40.46 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  35.5 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1230  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 284 aa  143  4e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.69463  normal  0.27329 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 284 aa  142  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1770  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 293 aa  142  8e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103333  normal  0.0253433 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 284 aa  141  9e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.93 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0538  LysR family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0607  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 298 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  36.48 
 
 		 294 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 287 aa  138  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1168  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 291 aa  138  7.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.851796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  38.4 
 
 		 285 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 306 aa  138  7.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 287 aa  138  8.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 283 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 285 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1890  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 322 aa  137  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 284 aa  137  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  33.85 
 
 		 283 aa  136  3.0000000000000003e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 295 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 296 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 294 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 294 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 294 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 299 aa  135  7.000000000000001e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  35.83 
 
 		 289 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 294 aa  135  8e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>