More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0384 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  651    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  81.45 
 
 		 322 aa  541  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  81.45 
 
 		 322 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  80.76 
 
 		 332 aa  516  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  60.06 
 
 		 321 aa  382  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  60.06 
 
 		 322 aa  378  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  54.66 
 
 		 319 aa  332  6e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  55.12 
 
 		 290 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  55.05 
 
 		 317 aa  303  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  54.74 
 
 		 279 aa  293  2e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 284 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 284 aa  206  6e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.99 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 284 aa  204  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 284 aa  203  3e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 290 aa  197  3e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 290 aa  196  3e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 299 aa  195  8.000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 283 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 299 aa  195  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  39.44 
 
 		 285 aa  192  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 283 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 283 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 283 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  39.64 
 
 		 293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  36.97 
 
 		 284 aa  189  7e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 294 aa  188  9e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 298 aa  187  3e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  34.43 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 285 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 285 aa  185  9e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 285 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 283 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 296 aa  182  7e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  37.64 
 
 		 293 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 294 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 291 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 289 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1020  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 297 aa  178  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  36.43 
 
 		 289 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 283 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 282 aa  176  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  38.25 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  35.92 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 290 aa  176  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 311 aa  176  6e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  35.53 
 
 		 280 aa  175  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.56 
 
 		 291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  36.54 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 287 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0105  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 284 aa  173  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 282 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 316 aa  172  5e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  35.42 
 
 		 282 aa  171  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000122814 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 282 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 285 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  35.82 
 
 		 324 aa  170  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 295 aa  170  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 316 aa  170  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 287 aa  169  4e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  35.04 
 
 		 311 aa  169  4e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0368  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 285 aa  169  6e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 289 aa  169  7e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5053  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 295 aa  169  8e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.426603  normal  0.786248 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 281 aa  168  9e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 323 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  35.19 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 285 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5090  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 285 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  35.19 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2647  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 326 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 291 aa  167  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 283 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  35.04 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 284 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2882  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 315 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.241105  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 287 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 291 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 316 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  34.44 
 
 		 312 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0961  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 289 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 291 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 288 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 286 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>