More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1273 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 309 aa  630  1e-180  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 296 aa  229  4e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 290 aa  228  9e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 289 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 283 aa  215  7e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  43.42 
 
 		 284 aa  215  8e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 284 aa  215  8e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 304 aa  215  8e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 290 aa  213  1.9999999999999998e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 283 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 283 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 322 aa  209  5e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 304 aa  209  5e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 321 aa  208  7e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  41.34 
 
 		 283 aa  208  7e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 284 aa  208  9e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  40.99 
 
 		 293 aa  206  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 279 aa  203  3e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  41.37 
 
 		 285 aa  203  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.15 
 
 		 296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 295 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2980  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 311 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0695506  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  41.96 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 284 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  41.4 
 
 		 290 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 288 aa  192  8e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  39.22 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  37.4 
 
 		 322 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  37.4 
 
 		 322 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 319 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 291 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 291 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 291 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 291 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 283 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  38.55 
 
 		 287 aa  187  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  37.99 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 316 aa  186  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 291 aa  186  6e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 291 aa  185  7e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 317 aa  182  6e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 284 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 283 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7706  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 283 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 283 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2882  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 315 aa  177  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.241105  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  36.68 
 
 		 289 aa  176  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  37.02 
 
 		 332 aa  177  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 283 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 284 aa  176  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 282 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 282 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 282 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  40.93 
 
 		 289 aa  175  7e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  35.92 
 
 		 283 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 282 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  37.55 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 282 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 287 aa  172  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 287 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 287 aa  171  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 285 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6530  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 292 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165496 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 287 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4760  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7471  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 292 aa  169  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  37.35 
 
 		 317 aa  169  7e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  36.2 
 
 		 293 aa  169  7e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 293 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  35.77 
 
 		 298 aa  169  8e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 293 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 283 aa  168  9e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 282 aa  168  9e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 280 aa  168  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5676  LysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 292 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6040  LysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 292 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.061034 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 282 aa  168  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000122814 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  35.76 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>