More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3690 on replicon NC_010580
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010580  Bind_3690  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 281 aa  555  1e-157  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.129943  normal  0.235682 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2656  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 277 aa  181  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.543187 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2512  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 278 aa  161  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  40.96 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  36.22 
 
 		 298 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 323 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 298 aa  132  9e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.31 
 
 		 291 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2994  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 348 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 316 aa  129  4.0000000000000003e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2857  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 348 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.682675 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 282 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 282 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 294 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 282 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  36.29 
 
 		 285 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 282 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 328 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 282 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 282 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  32.95 
 
 		 311 aa  122  7e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0607  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 285 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  33.83 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 		 316 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 282 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  33.83 
 
 		 292 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 285 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 367 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 321 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7471  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 292 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 292 aa  116  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 293 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 292 aa  115  7.999999999999999e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 296 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6530  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165496 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2019  LysR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 285 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.682077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 283 aa  113  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7727  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5676  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 292 aa  112  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6040  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 292 aa  112  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.061034 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4400  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 311 aa  112  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  31.68 
 
 		 290 aa  112  9e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1168  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.851796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  31.89 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  34.34 
 
 		 288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0961  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.43 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.43 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.43 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 283 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6301  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 348 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1770  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 293 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103333  normal  0.0253433 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 289 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4176  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 298 aa  109  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.661797 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4190  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 282 aa  110  4.0000000000000004e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0252504  normal  0.417297 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 289 aa  109  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 306 aa  109  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.03 
 
 		 312 aa  108  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 317 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3930  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.983373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4590  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2962  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.710612 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1974  transcriptional regulator, LysR family  31.84 
 
 		 281 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.601585  normal  0.717354 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2970  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 349 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 281 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2980  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0695506  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2949  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 349 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.621392  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>