More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1890 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1890  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 322 aa  648    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0538  LysR family transcriptional regulator  99.68 
 
 		 311 aa  623  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0673  LysR family transcriptional regulator  91.64 
 
 		 310 aa  542  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.123933  decreased coverage  0.00380612 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2777  putative transcriptional regulator  65.96 
 
 		 284 aa  384  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.214783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1230  LysR family transcriptional regulator  64.06 
 
 		 284 aa  371  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.69463  normal  0.27329 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  60.5 
 
 		 305 aa  351  8e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 295 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6042  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.957083 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  37.4 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4068  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3793  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4575  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1269  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 291 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0299945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5730  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 288 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.859731  normal  0.701128 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  38.3 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 284 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  37.63 
 
 		 284 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 309 aa  155  9e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 296 aa  151  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 283 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5812  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 280 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 283 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 283 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 283 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 283 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.1 
 
 		 291 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 294 aa  142  6e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 289 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 		 285 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 284 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 298 aa  139  8.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 283 aa  136  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 291 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 291 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 322 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.28 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  36.65 
 
 		 287 aa  133  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 284 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 287 aa  133  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 290 aa  133  5e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 283 aa  133  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 321 aa  133  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 292 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  39.21 
 
 		 290 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 284 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 295 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 296 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 293 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  37.55 
 
 		 287 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2980  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0695506  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5053  transcriptional regulator, LysR family  40.43 
 
 		 295 aa  129  6e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.426603  normal  0.786248 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 295 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 295 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 290 aa  129  9.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  33.57 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 290 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 279 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2512  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 283 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 283 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 283 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 317 aa  126  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 287 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 281 aa  125  7e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1114  putative transcriptional regulator  36.65 
 
 		 301 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  33.19 
 
 		 322 aa  125  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  33.48 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.55 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4883  transcriptional regulator, LysR family  37.17 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 289 aa  124  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 282 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 283 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2656  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 277 aa  123  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.543187 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>