More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_4653 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  644    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  64.14 
 
 		 290 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  57.64 
 
 		 321 aa  335  5e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  57.84 
 
 		 322 aa  329  4e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  64.13 
 
 		 279 aa  326  3e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  54.33 
 
 		 322 aa  326  3e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  54.36 
 
 		 322 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  55.05 
 
 		 316 aa  323  2e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  56.45 
 
 		 332 aa  313  1.9999999999999998e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  56.45 
 
 		 319 aa  311  1e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.23 
 
 		 296 aa  229  3e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 284 aa  221  9e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 283 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 283 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 283 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 283 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 299 aa  218  7e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  44.88 
 
 		 284 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 284 aa  216  4e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 294 aa  216  5e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  43.42 
 
 		 284 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  39.64 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 298 aa  197  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  42.8 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 304 aa  192  4e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  40.86 
 
 		 313 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 285 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 291 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 291 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 291 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 291 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 291 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 294 aa  186  6e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 291 aa  185  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 294 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 291 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 285 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  41.99 
 
 		 293 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 294 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 290 aa  182  9.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 316 aa  182  9.000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 290 aa  181  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  37.93 
 
 		 289 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 290 aa  181  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 289 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 283 aa  176  5e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  38.63 
 
 		 283 aa  176  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 284 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 316 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 293 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 296 aa  172  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 295 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7706  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 283 aa  172  9e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 282 aa  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 285 aa  171  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 283 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 282 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 282 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 281 aa  170  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  39 
 
 		 324 aa  170  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 283 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5053  transcriptional regulator, LysR family  42.18 
 
 		 295 aa  169  5e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.426603  normal  0.786248 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 287 aa  168  9e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 287 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.69 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  37.37 
 
 		 312 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 300 aa  167  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  37.37 
 
 		 312 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 291 aa  167  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  37.37 
 
 		 312 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2647  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 326 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 303 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 283 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  37.37 
 
 		 312 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 310 aa  166  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 289 aa  166  5.9999999999999996e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 323 aa  165  9e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4540  LysR substrate-binding  41.16 
 
 		 295 aa  165  9e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.225114 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  36.88 
 
 		 309 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  36.88 
 
 		 309 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1020  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>