More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0607 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0607  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  605  9.999999999999999e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  53.36 
 
 		 289 aa  280  2e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  49.81 
 
 		 298 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2857  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 348 aa  239  5e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.682675 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2994  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 348 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3284  transcriptional regulator, LysR family  50.97 
 
 		 298 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  43.54 
 
 		 299 aa  225  7e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4400  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 311 aa  224  9e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0160  transcriptional regulator, LysR family  49.82 
 
 		 291 aa  223  3e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4590  LysR family transcriptional regulator  49.8 
 
 		 318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2942  LysR family transcriptional regulator  45.35 
 
 		 341 aa  215  8e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6301  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 348 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3885  transcriptional regulator, LysR family  47.1 
 
 		 315 aa  206  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2970  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 349 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2335  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 349 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.642947  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2949  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 349 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.621392  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 323 aa  198  7e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.92 
 
 		 291 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 316 aa  181  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 292 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 283 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 311 aa  156  5.0000000000000005e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 290 aa  155  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  34.89 
 
 		 280 aa  155  9e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  35.6 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  35.31 
 
 		 283 aa  152  5.9999999999999996e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  34.97 
 
 		 283 aa  152  5.9999999999999996e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  33.46 
 
 		 309 aa  152  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  33.46 
 
 		 309 aa  152  7e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 283 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 311 aa  152  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 310 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 316 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 294 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  37.34 
 
 		 287 aa  149  8e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  36.03 
 
 		 289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  35.95 
 
 		 284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 289 aa  145  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.69 
 
 		 312 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 281 aa  145  9e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.93 
 
 		 312 aa  145  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 312 aa  144  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.93 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 289 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.93 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 300 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.93 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  31.37 
 
 		 312 aa  143  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  31.37 
 
 		 312 aa  143  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2656  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 277 aa  144  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.543187 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  31.37 
 
 		 312 aa  143  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 312 aa  143  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  31.37 
 
 		 312 aa  143  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 312 aa  142  9e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 295 aa  142  9e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00857  putative regulatory protein LysR Family  32.37 
 
 		 282 aa  141  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.977241  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  30.98 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 316 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  30.98 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  30.98 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3593  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 283 aa  140  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 285 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 285 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 307 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1770  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103333  normal  0.0253433 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 306 aa  139  8.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4190  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 282 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0252504  normal  0.417297 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 285 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 288 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05533  transcriptional regulator  30.71 
 
 		 276 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  35.78 
 
 		 293 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0274  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 286 aa  136  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  33.07 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 282 aa  136  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 322 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 283 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 284 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 322 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 296 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 295 aa  135  8e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>