More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3053 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  624  1e-178  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  95.22 
 
 		 293 aa  567  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  95.22 
 
 		 293 aa  567  1e-161  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  94.2 
 
 		 293 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  69.7 
 
 		 309 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  71.88 
 
 		 300 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  69.79 
 
 		 293 aa  426  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  68.92 
 
 		 306 aa  423  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  71.28 
 
 		 287 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  71.28 
 
 		 287 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  70.92 
 
 		 287 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  70.21 
 
 		 286 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  71.38 
 
 		 288 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  71.38 
 
 		 288 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3591  LysR family transcriptional regulator  65.28 
 
 		 292 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.449761 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  67.26 
 
 		 293 aa  385  1e-106  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  53.07 
 
 		 283 aa  297  1e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 306 aa  242  5e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 284 aa  239  4e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 287 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0105  LysR family transcriptional regulator  47.43 
 
 		 284 aa  231  1e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  47.94 
 
 		 292 aa  229  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  42.5 
 
 		 287 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.85 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  45.09 
 
 		 295 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  45.09 
 
 		 295 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  45.99 
 
 		 292 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  43.26 
 
 		 285 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 288 aa  207  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 287 aa  205  8e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0242  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 287 aa  205  9e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.546914  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 282 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 283 aa  203  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 307 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1058  LysR family transcriptional regulator  46.52 
 
 		 288 aa  190  2e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 298 aa  188  9e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 290 aa  181  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 292 aa  179  7e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2921  LysR family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 283 aa  177  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  38.65 
 
 		 292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  37.94 
 
 		 292 aa  169  7e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  37.94 
 
 		 292 aa  169  8e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 284 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  40.51 
 
 		 284 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 289 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 281 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0678  transcriptional regulator, LysR family  35.77 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.149422  normal  0.525189 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  38.94 
 
 		 280 aa  159  5e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 283 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0109  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 292 aa  155  6e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 293 aa  155  7e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 301 aa  155  9e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 296 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4760  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 299 aa  152  7e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.84 
 
 		 291 aa  152  8e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  33.98 
 
 		 289 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 284 aa  151  1e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  32.82 
 
 		 322 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  32.82 
 
 		 322 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 		 288 aa  151  2e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  38.38 
 
 		 288 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3715  transcriptional regulator, LysR family  37.68 
 
 		 288 aa  150  3e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0587379 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  35.94 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 282 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 286 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 316 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 286 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 286 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 286 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3823  LysR substrate-binding  35.16 
 
 		 289 aa  146  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 367 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 321 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.87 
 
 		 296 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4131  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 289 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 288 aa  145  9e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7471  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3176  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 289 aa  145  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6530  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 292 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165496 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  35.13 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5676  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6040  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.061034 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 323 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 286 aa  143  4e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 282 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 295 aa  142  6e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  33.57 
 
 		 298 aa  142  9e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0984  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.95626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2882  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 315 aa  141  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.241105  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>