More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2713 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 281 aa  555  1e-157  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  79.36 
 
 		 284 aa  455  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  79.72 
 
 		 284 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  62.95 
 
 		 288 aa  341  5.999999999999999e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2650  LysR family transcriptional regulator  50.36 
 
 		 283 aa  257  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0109  transcriptional regulator, LysR family  46.4 
 
 		 292 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4938  transcriptional regulator, LysR family  47.64 
 
 		 283 aa  245  8e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0984  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 287 aa  243  3e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.95626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3715  transcriptional regulator, LysR family  52.14 
 
 		 288 aa  242  5e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0587379 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1099  LysR family transcriptional regulator  53.64 
 
 		 304 aa  239  4e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.421675  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3823  LysR substrate-binding  49.47 
 
 		 289 aa  236  3e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4131  transcriptional regulator, LysR family  49.47 
 
 		 289 aa  236  3e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0678  transcriptional regulator, LysR family  48.24 
 
 		 290 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.149422  normal  0.525189 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3176  LysR family transcriptional regulator  46.29 
 
 		 289 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 289 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 284 aa  216  5e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 		 288 aa  215  7e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4203  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 288 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.202546 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4303  LysR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 293 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  41.01 
 
 		 295 aa  213  1.9999999999999998e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4355  transcriptional regulator, LysR family  43.64 
 
 		 297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2022  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 286 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2517  transcriptional regulator, LysR family  42.2 
 
 		 291 aa  211  1e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0282756 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0524  LysR family transcriptional regulator  50.97 
 
 		 280 aa  207  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4176  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.661797 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6616  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 286 aa  206  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2246  transcriptional regulator, LysR family  42.53 
 
 		 286 aa  205  9e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3907  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 289 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4369  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 289 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 282 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 286 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 286 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 286 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 286 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 367 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 286 aa  196  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1410  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 286 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 290 aa  186  3e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 282 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 282 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 282 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 282 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 282 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 282 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 284 aa  180  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 283 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 298 aa  176  3e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 292 aa  176  4e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26470  LysR family transcriptional regulator protein  42.24 
 
 		 317 aa  174  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  40.67 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 283 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1961  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1157  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0276  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.000191888  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0953  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0996  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.257819  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1003  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0872  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  40.08 
 
 		 292 aa  169  6e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1114  putative transcriptional regulator  40.91 
 
 		 301 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 280 aa  167  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0800  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  39.68 
 
 		 292 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  39.68 
 
 		 292 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 283 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  35.11 
 
 		 283 aa  160  2e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6530  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 292 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165496 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5676  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 292 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6040  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 292 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.061034 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 290 aa  158  9e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 307 aa  158  9e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7471  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  37.14 
 
 		 283 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  35.34 
 
 		 283 aa  157  2e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 288 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 309 aa  156  4e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 		 293 aa  155  5.0000000000000005e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 293 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2402  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 298 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114186  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2531  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 297 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 294 aa  155  8e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 296 aa  155  9e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0813  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.192119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 283 aa  153  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 289 aa  152  8.999999999999999e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2507  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1871  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2482  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 282 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  35.61 
 
 		 293 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  38.63 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>