More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3907 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_3907  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
289 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4369  LysR family transcriptional regulator  99.31 
 
 
289 aa  570  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1410  LysR family transcriptional regulator  92.61 
 
 
286 aa  518  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6616  LysR family transcriptional regulator  85.66 
 
 
286 aa  488  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2022  LysR family transcriptional regulator  76.79 
 
 
286 aa  435  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2246  transcriptional regulator, LysR family  75.71 
 
 
286 aa  430  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4303  LysR family transcriptional regulator  72.24 
 
 
293 aa  412  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4176  LysR family transcriptional regulator  71.89 
 
 
298 aa  407  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.661797 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0109  transcriptional regulator, LysR family  44.57 
 
 
292 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0984  LysR family transcriptional regulator  42.49 
 
 
287 aa  216  5e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.95626  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  44.15 
 
 
284 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  43.77 
 
 
284 aa  212  7e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4203  LysR family transcriptional regulator  45.04 
 
 
288 aa  209  5e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.202546 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 
281 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  44.53 
 
 
288 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2650  LysR family transcriptional regulator  41.94 
 
 
283 aa  203  3e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4938  transcriptional regulator, LysR family  40.5 
 
 
283 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3715  transcriptional regulator, LysR family  44.06 
 
 
288 aa  193  3e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0587379 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 
295 aa  193  4e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3823  LysR substrate-binding  43.46 
 
 
289 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4131  transcriptional regulator, LysR family  43.46 
 
 
289 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0678  transcriptional regulator, LysR family  41.7 
 
 
290 aa  187  2e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.149422  normal  0.525189 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3176  LysR family transcriptional regulator  44.01 
 
 
289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2517  transcriptional regulator, LysR family  38.61 
 
 
291 aa  182  7e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0282756 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1099  LysR family transcriptional regulator  47.67 
 
 
304 aa  181  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.421675  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4355  transcriptional regulator, LysR family  39.54 
 
 
297 aa  177  1e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
284 aa  171  1e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0524  LysR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
280 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4216  transcriptional regulator, LysR family  61.54 
 
 
161 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 
288 aa  167  2e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 
282 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 
286 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 
286 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 
286 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 
286 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 
367 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 
321 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 
286 aa  166  5e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 
298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
290 aa  160  3e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  39.84 
 
 
282 aa  159  6e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  39.84 
 
 
282 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 
282 aa  159  7e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 
282 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 
282 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 
328 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 
282 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
283 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 
289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0996  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.257819  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 
283 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1961  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
298 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1157  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
298 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0872  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
298 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0276  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
298 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.000191888  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0813  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
303 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.192119  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1003  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
298 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0953  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
298 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 
288 aa  142  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  33.95 
 
 
292 aa  142  5e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
283 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2507  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
295 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  32.39 
 
 
283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 
284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0800  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
298 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2531  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 
292 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  34.69 
 
 
292 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  32.75 
 
 
283 aa  139  4.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1871  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 
307 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26470  LysR family transcriptional regulator protein  36.12 
 
 
317 aa  139  4.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2482  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 
307 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2402  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 
298 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114186  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 
301 aa  138  7.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 
292 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5814  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 
298 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 
280 aa  136  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 
289 aa  135  6.0000000000000005e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  33.56 
 
 
297 aa  135  8e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 
290 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  34.94 
 
 
317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
283 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 
290 aa  132  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 
290 aa  132  6e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 
283 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 
283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 
299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 
283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4883  transcriptional regulator, LysR family  38.15 
 
 
301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 
304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
304 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
312 aa  129  5.0000000000000004e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
294 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1114  putative transcriptional regulator  34.36 
 
 
301 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 
285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 
312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  32.4 
 
 
312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  32.4 
 
 
312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  32.4 
 
 
312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>