More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1479 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  590  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 306 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  50.92 
 
 		 299 aa  269  5e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  46.67 
 
 		 299 aa  255  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 298 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  46.32 
 
 		 313 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 316 aa  253  3e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  45.94 
 
 		 290 aa  248  8e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  46.79 
 
 		 324 aa  242  6e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5053  transcriptional regulator, LysR family  48.29 
 
 		 295 aa  223  2e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.426603  normal  0.786248 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4540  LysR substrate-binding  49.14 
 
 		 295 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.225114 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5000  transcriptional regulator, LysR family  48.8 
 
 		 295 aa  214  9e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 296 aa  211  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 283 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 317 aa  206  4e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 283 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 283 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 283 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 321 aa  202  6e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 322 aa  201  1.9999999999999998e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 295 aa  200  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 299 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 290 aa  195  6e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  41.55 
 
 		 284 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  37.94 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 284 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  36.53 
 
 		 322 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  36.78 
 
 		 322 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 		 293 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 316 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 283 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.26 
 
 		 296 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 284 aa  183  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 289 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  37.23 
 
 		 289 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  37.93 
 
 		 332 aa  180  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  41.4 
 
 		 290 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 284 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 287 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 279 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  40.85 
 
 		 284 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 291 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 291 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 291 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 291 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 289 aa  176  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7706  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 283 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 291 aa  176  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 282 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 291 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 300 aa  173  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  39.15 
 
 		 291 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 282 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 281 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 282 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 283 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 285 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  39.08 
 
 		 293 aa  169  5e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 319 aa  169  6e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  39.15 
 
 		 302 aa  169  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 283 aa  167  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  38.58 
 
 		 283 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 283 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  33.21 
 
 		 283 aa  166  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 280 aa  166  2.9999999999999998e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  34.09 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 323 aa  166  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  32.17 
 
 		 283 aa  166  5.9999999999999996e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 283 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  35.46 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  36.97 
 
 		 285 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 292 aa  163  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.93 
 
 		 291 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  38.22 
 
 		 285 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 287 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  34.86 
 
 		 304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 304 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 291 aa  160  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0274  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 286 aa  159  6e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  35.77 
 
 		 294 aa  159  7e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 284 aa  158  9e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  37.14 
 
 		 284 aa  158  9e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 284 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 285 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1492  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 271 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.403981  hitchhiker  0.0000917621 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 299 aa  155  8e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 317 aa  154  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0109  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4590  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>