More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4203 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4203  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 288 aa  568  1e-161  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.202546 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0984  LysR family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 287 aa  248  7e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.95626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0109  transcriptional regulator, LysR family  46.59 
 
 		 292 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3715  transcriptional regulator, LysR family  50.35 
 
 		 288 aa  238  1e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0587379 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  48.2 
 
 		 284 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  48.2 
 
 		 284 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3823  LysR substrate-binding  48.91 
 
 		 289 aa  228  1e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4131  transcriptional regulator, LysR family  48.54 
 
 		 289 aa  227  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 281 aa  226  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0678  transcriptional regulator, LysR family  48 
 
 		 290 aa  225  8e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.149422  normal  0.525189 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  45.09 
 
 		 284 aa  223  4e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3176  LysR family transcriptional regulator  48 
 
 		 289 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3907  LysR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 289 aa  222  6e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1410  LysR family transcriptional regulator  44.2 
 
 		 286 aa  219  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2650  LysR family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 283 aa  219  6e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4369  LysR family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 289 aa  219  6e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4176  LysR family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.661797 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6616  LysR family transcriptional regulator  43.61 
 
 		 286 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  44.24 
 
 		 295 aa  217  2e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  47.48 
 
 		 288 aa  215  8e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  44.96 
 
 		 288 aa  214  9.999999999999999e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4303  LysR family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 293 aa  208  7e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4938  transcriptional regulator, LysR family  44.16 
 
 		 283 aa  208  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2022  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 286 aa  205  6e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2246  transcriptional regulator, LysR family  43.89 
 
 		 286 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2517  transcriptional regulator, LysR family  40.83 
 
 		 291 aa  200  3e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0282756 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1099  LysR family transcriptional regulator  49.81 
 
 		 304 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.421675  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4355  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 297 aa  195  7e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0524  LysR family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 280 aa  187  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  39.68 
 
 		 292 aa  177  1e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 286 aa  175  6e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  39.26 
 
 		 292 aa  172  5e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  39.26 
 
 		 292 aa  172  5e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 282 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 286 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 286 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 286 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 286 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 289 aa  169  6e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 367 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 321 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 292 aa  166  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 284 aa  163  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 282 aa  159  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 282 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 282 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 328 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 288 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 282 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 282 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 307 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 282 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 290 aa  155  9e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 283 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 293 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 293 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 283 aa  152  8e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 283 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4883  transcriptional regulator, LysR family  37.55 
 
 		 301 aa  149  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 293 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 294 aa  149  7e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  36.78 
 
 		 293 aa  149  8e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26470  LysR family transcriptional regulator protein  35.84 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 316 aa  141  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0800  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6530  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165496 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 322 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 322 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 280 aa  140  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 287 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 287 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 287 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 288 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 288 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 303 aa  139  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0996  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 298 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.257819  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5676  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 292 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6040  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 292 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.061034 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 309 aa  137  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 292 aa  137  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1114  putative transcriptional regulator  36.2 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  36.65 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 298 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2402  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114186  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  32.09 
 
 		 283 aa  136  4e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5814  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  33.81 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 287 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1961  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0276  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.000191888  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0953  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  34.5 
 
 		 300 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>